Theo Phó Thủ tướng, tự chủ đại học đã đạt được một số kết quả rất tốt. Có 5 điểm mang tính nguyên tắc mà toàn thế giới thực hiện và có một điểm Việt Nam và một số nước tương tự áp dụng.
Thứ nhất, đại học không chỉ là nơi làm ra tri thức mà là nơi làm việc, sinh hoạt của trí thức có mặt bằng nhận thức cao hơn bình thường.
Thứ hai, đã tự chủ thì luôn gắn liền với trách nhiệm giải trình. Mọi việc phải được thực hiện theo quy định của pháp luật và thực hiện theo quy chế công khai để xã hội cùng giám sát.
Thứ ba, tự chủ không có nghĩa là Nhà nước không đầu tư nữa. Ở tất cả các nước, các trường tự chủ nhà nước vẫn đầu tư, không chỉ đặt hàng, cấp học bổng mà còn đầu tư về cơ sở vật chất.
Thứ tư, tự chủ đại học không có nghĩa là không có quản lý, mà quản lý theo pháp luật; không chỉ pháp luật về giáo dục mà pháp luật nói chung.
Thứ năm, tất cả các nước, các nhà trường đều thực hiện tự chủ nhưng vẫn bảo đảm cơ chế để người nghèo, khuyết tật và một số đối tượng đặc thù không giảm đi cơ hội học tập, tiếp cận giáo dục đại học, nhất là giáo dục chất lượng cao. Việc này, chúng ta làm chú trọng hơn các nước.
Thứ sáu, không phải toàn thế giới, nhưng đối với một số nước như Việt Nam có vấn đề mang tính nguyên tắc là: Khái niệm chủ sở hữu cũng thay đổi. Vì đóng góp vào đại học không chỉ là tiền, máy móc, mà còn là trí tuệ, học phí của người dân. Vì thế, về lâu dài khái niệm chủ sở hữu không chỉ là một cơ quan, bộ máy chức năng mà của toàn xã hội.
Về câu hỏi của đại biểu Dương Minh Ánh, có nên bỏ cơ quan chủ quản không? Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam trao đổi, trong pháp luật đã không còn khái niệm Bộ chủ quản, mà chỉ còn khái niệm cơ quan quản lý, cơ quan chủ sở hữu.
Theo xu thế đấy, chúng ta sửa luật và chỉ đạo thực hiện. Hiện nay, vẫn còn vướng mắc, chẳng hạn như: Thu tiền tài trợ, học phí và chi học phí, tuổi giữ chức vụ, mở ngành mới…
Phó Thủ tướng nhấn mạnh, trước mắt có hai việc cần làm, các trường đại học phải kiện toàn Hội đồng trường với tư cách là cơ quan thực quyền. Các trường phải xây dựng quy chế điều hành nội bộ, tài chính nội bộ chi tiết và công khai, minh bạch. Phó Thủ tướng cho rằng, đây là quá trình chuyển đổi, nếu chưa được quy định rõ hoặc chưa có tiền lệ thì cần bình tinh và theo hướng ủng hộ xu hướng tự chủ.
Đối với Trường ĐH Tôn Đức Thắng, Phó Thủ tướng cho biết, Chính phủ đã trao đổi với Bộ Tư pháp nhiều lần. Khi chưa rõ ràng, thì phải cẩn trọng, làm đúng quy định và làm hết trách nhiệm, không lơ là. Chính phủ đã lập đoàn công tác, sau đó công khai cho toàn dân biết. Tinh thần là công minh, dân chủ, ủng hộ tự chủ, tạo điều kiện cho nhà trường phát triển.