Các cơ sở giáo dục ĐH được tự chủ trong xây dựng và ban hành chương trình đào tạo theo quy định. Đồng thời, chủ động nghiên cứu, xây dựng chương trình theo hướng nghiên cứu, ứng dụng và nghề nghiệp phù hợp với mỗi trình độ đào tạo và năng lực của từng cơ sở đào tạo.
Việc xây dựng chương trình đào tạo phải đáp ứng được chuẩn đầu ra và gắn với yêu cầu nhân lực của từng ngành ; đáp ứng được đòi hỏi thay đổi nhanh chóng của thị trường lao động trong nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa và hội nhập quốc tế.
Các trường cần chú ý nâng cao vai trò của hội đồng khoa học và đào tạo trong xây dựng, thẩm định chương trình đào tạo. Thu hút đạo diện của hội nghề nghiệp, doanh nghiệp, người sử dụng lao động tham gia xây dựng chuẩn kỹ năng nghề nghiệp, làm cơ sở xây dựng chuẩn đầu ra của từng ngành đào tạo, tham gia vào xây dựng, thẩm định chương trình đào tạo.
Các trường cũng có thể học tập kinh nghiệm, mô hình, kết quả của các dự án hỗ trợ giáo dục ĐH như POHE, HEEAP 2, chương trình tiên tiến,... trong xây dựng chương trình đào tạo.