Nhà nghiên cứu lịch sử Hoàng Minh Hồng cho biết: Đã một thời gian dài các nhà khoa học tranh cãi về quê quán gốc tích của tướng Trần Quang Diệu. Sở dĩ có chuyện này vì ở Bình Định có quá nhiều giai thoại lẫn quan điểm khác nhau về vị danh tướng số 1 của nhà Tây Sơn.
Theo ông Hồng, các nhà khoa học ngả về ba ý kiến. Thứ nhất Trần Quang Diệu quê ở xã Ân Tín (Hoài Ân - Bình Định); thứ hai là ở xã Đức Lân (Mộ Đức - Quảng Ngãi); thứ ba là ở làng Nam Ô thuộc huyện Hòa Vang, tỉnh Quảng Nam (nay là quận Liên Chiểu, thành phố Đà Nẵng).
Sau này, mộ của mẹ Trần Quang Diệu được tìm thấy ở phía Tây Nam hòn Thổ Sơn (thuộc Ngũ Hành Sơn), cách chân núi khoảng 30m trong vườn của một người dân tên là Trần Xê.
Mộ này được lập vào tháng 3 năm Nhâm Tý 1792 và qua xác minh nhiều nguồn tư liệu, trong đó có gia phả họ Nguyễn ở làng An Hải, Bảo tàng Đà Nẵng và Hội Sử học Đà Nẵng khẳng định: Trần Quang Diệu, vốn có tên Trần Văn Đạt, người làng An Hải, thuộc quận Sơn Trà, thành phố Đà Nẵng, là con trai của ông Trần Tấn và bà Phan Thị Hy.
Đầu quân Tây Sơn
Ông Hồng cho biết, các truyện trong dân gian kể Trần Quang Diệu là người rất giỏi võ. Một hôm trên đường từ Hoài Ân vào Kiên Mỹ để gặp thủ lĩnh Tây Sơn là Nguyễn Nhạc thì ông bị hổ dữ tấn công.
Chống trả được một hồi, ông Diệu vừa bị thương vừa đuối sức, bà Bùi Thị Xuân tình cờ ngang qua và xông vào cứu được Quang Diệu. Ít lâu sau, nhờ Nguyễn Nhạc đứng ra làm chủ hôn, Trần Quang Diệu và Bùi Thị Xuân trở thành vợ chồng, họ cùng nhau trải qua bao trận chiến oanh liệt dưới ngọn cờ Tây Sơn.
Còn một câu chuyện khác, tương truyền Trần Quang Diệu học văn, học võ nhiều thầy. Một lần ông đi săn trên núi Kim Sơn ở Hoài Ân, tình cờ gặp được một ông lão tên là Diệp Đình Tòng, vì can tội giết chết một viên tri huyện tham ô, mà ông và vợ con phải trốn vào đây.
Trong hơn 20 năm dài ấy, không chịu nổi sơn lam chướng khí, vợ con ông đều đã lần lượt qua đời. Ông Tòng là người thông thạo cả năm món binh khí: Đao, kiếm, kích, thương, cung. Tuy nhiên, Trần Quang Diệu chỉ học môn đại đao. 5 năm sau, thầy mất, Trần Quang Diệu băng núi rừng đến đầu quân Tây Sơn.
Quang Trung phó thác
Các nguồn sử liệu đều công nhận Trần Quang Diệu góp mặt trong hầu hết những trận đánh quan trọng của quân Tây Sơn, như: Chiếm phủ thành Quy Nhơn, đánh quân Xiêm La, Mãn Thanh. Cùng với Đô đốc Vũ Văn Dũng, tướng Trần Quang Diệu được coi là cánh tay phải của triều đình Tây Sơn.
Lúc thắng trận trở về, dựa vào công lao và thực lực, vua Quang Trung bổ nhiệm Trần Quang Diệu làm Trấn thủ Nghệ An. Đồng thời mời La Sơn Phu tử Nguyễn Thiếp cùng Trần Quang Diệu xây dựng thành Phượng Hoàng Trung Đô ở núi Quyết (Vinh – Nghệ An). Chi tiết quan trọng này được sách “Đại Nam Liệt truyện chính biên” của Quốc sử quán triều Nguyễn ghi lại.
Tháng 9/1792, vua Quang Trung ngã bệnh, bèn triệu Trần Quang Diệu về thương nghị việc dời đô về Nghệ An, phó thác triều đình. Sau khi hoàng đế Quang Trung mất, nội bộ nhà Tây Sơn lục đục và suy yếu dần. Quân Nguyễn đánh chiếm nhiều nơi, Trần Quang Diệu giữ chức thiếu phó, phải cầm quân chống đỡ khắp Diên Khánh, Phú Yên, Bình Định.
Đầu năm 1800, Trần Quang Diệu cùng Võ Văn Dũng đem quân thủy bộ vào chiếm lại thành Quy Nhơn đang bị quân Nguyễn chiếm đóng. Võ Tánh đóng cửa thành cố thủ. Trần Quang Diệu cho đắp trường lũy xung quanh thành, vây khốn. Hai bên cầm cự nhau hơn một năm.
Võ Tánh liệu không tử thủ được nữa, bèn viết thư cho Trần Quang Diệu, yêu cầu lúc vào thành đừng sát hại quân dân vô tội rồi leo lên lầu Bát Giác tự thiêu. Trần Quang Diệu vào thành, ban lời khuyến dụ, không giết một binh sĩ nhà Nguyễn nào, cho thu hài cốt Võ Tánh, Ngô Tùng Châu chôn cất theo lễ. Hành động nghĩa hiệp này của Trần Quang Diệu được người đời ca tụng.
Khi hay tin Nguyễn Ánh chiếm được Phú Xuân, làm chủ đất Thuận Hóa, Trần Quang Diệu bỏ thành Quy Nhơn, cùng Võ Văn Dũng kéo đại quân theo đường thượng đạo sang Lào ra Nghệ An.
Học giả Trần Trọng Kim trong sách “Việt Nam sử lược” chép rằng: Trần Quang Diệu đi đường Ai Lao ra đến châu Quy Hợp, xuống huyện Hương Sơn thấy quân nhà Nguyễn đã lấy được Nghệ An rồi, bèn cùng với Bùi thị về huyện Thanh Chương, bao nhiêu quân sĩ đều bỏ cả, được mấy hôm hai vợ chồng cùng bị bắt.
Khi vua Gia Long nhà Nguyễn chiêu hàng, Trần Quang Diệu đáp: “Trung thần không thờ hai vua, nay tôi bị bắt thì chỉ có tội chết. Nếu nhà vua mới rộng lượng tha cho, như trước đây tôi đã tha cho các tướng ở Quy Nhơn thì tôi sẽ về ở nơi thôn dã, cày ruộng, nộp thuế như người thường dân, chứ nhận chức quan của triều đại mới thì không phải là trượng phu”.
Không chiêu hàng được Trần Quang Diệu, ngày 30/11/1802, Gia Long đem ông ra pháp trường thọ hình lột da. Tuy nhiên, chi tiết này vẫn còn nhiều tranh cãi không thống nhất.
Sách “Đại Nam thực lục” có chép: Nhâm Tuất (1802 tháng 11): Sai Nguyễn Văn Khiêm là Đô thống chế dinh Túc trực, Nguyễn Đăng Hựu là Tham tri Hình bộ áp dẫn Nguyễn Quang Toản và em là Quang Duy, Quang Thiệu, Quang Bàn ra ngoài cửa thành, xử án lăng trì, cho 5 voi xé xác.
Còn đồ đảng là bọn Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng đều xử trị hết phép, bêu đầu cho mọi người biết. Xuống chiếu bố cáo trong ngoài.
Như vậy, chỉ có bốn con của vua Quang Trung bị voi xé xác. Còn các tướng Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng… cùng với một số võ quan khác đều bị chém. Riêng nữ tướng Bùi Thị Xuân, không thấy “Đại Nam thực lục” ghi tên trong số những vị tướng bị bắt, cũng không thấy tên bà trong danh sách các tướng bị hành hình.
Những câu chuyện về việc Bùi Thị Xuân bị voi giày, Trần Quang Diệu bị lột da chỉ được ghi lại trong lá thư của một giáo sĩ tên là Bissachère. Vị giáo sĩ chép lại những gì nghe kể từ một người khác, chứ không chứng kiến cuộc hành hình. Tuy nhiên, về sau này bức thư vẫn trở thành nguồn sử liệu quan trọng.
Sinh vi Nguyễn, tử vi Trần
Trong khuôn viên di tích đền thờ Thoại Ngọc Hầu (tức Nguyễn Văn Thoại) ở quận Sơn Trà (Đà Nẵng) có một ngôi mộ mà văn bia đề: Phần mộ Tướng công Trần Quang Diệu, con cháu nội ngoại Trần Nguyễn đồng phụng lập.
Theo một số cao niên địa phương, ngôi mộ Trần Quang Diệu trước kia ở Cồn Lăng làng An Hải. Năm 2002, khi xây dựng Trường Lê Quý Đôn, Sở VH-TT&DL Đà Nẵng và tộc Nguyễn làng An Hải đã di rời mộ Trần Quang Diệu về bên cạnh đền thờ Thoại Ngọc Hầu.
Có người lý giải rằng, sau khi Trần Quang Diệu bị nhà Nguyễn hành hình, những cận vệ thân tín, thân tộc đã bí mật cải táng mộ về quê An Hải hoặc có thể vì lòng mến yêu mà thân tộc tạo hình hài, đắp mộ để tưởng nhớ tiền nhân.
Ngoài ra còn có ý kiến cho rằng, vì mến tài đức của Trần Quang Diệu nên Gia Long đã cho đưa thi thể của ông về quê nhà với vòng xích sắt quấn vào quan tài. Con cháu họ Nguyễn ở làng An Hải vẫn còn lưu giữ câu chuyện về tình bạn giữa Trần Quang Diệu và Thoại Ngọc Hầu.
Lúc còn nhỏ hai người là đôi bạn thân thiết. Nhưng vì loạn lạc nên phải lưu lạc ở hai nơi khác nhau, để rồi sau này một người theo chúa Nguyễn, một người phò nhà Tây Sơn. Khi biết tin nhau thì hai ông đã ở hai bên chiến tuyến. Vào năm 1801 lúc Thoại Ngọc Hầu mang quân từ Vạn Tượng (Lào) tiến đánh Phú Xuân, nghe tin Trần Quang Diệu từ Quy Nhơn cầm binh ra tiếp cứu.
Vì không muốn đối đầu với bạn mình, nên Thoại Ngọc Hầu giao binh quyền cho phó tướng là Lưu Phước Tường rồi bỏ vào Gia Định. Khi Gia Long bình định được nhà Tây Sơn, Trần Quang Diệu bị xử tử và chịu án tru di tam tộc.
Thoại Ngọc Hầu biết tin liền bí mật báo cho họ Trần ở An Hải đào thoát khỏi làng, thay tên đổi họ để tránh sự truy sát của triều Nguyễn. Những người trong gia đình Trần Quang Diệu được Thoại Ngọc Hầu nhận về nuôi, đổi thành họ Nguyễn.