4 bước theo hướng dẫn của Bộ GD&ĐT gồm: lựa chọn nội dung dạy học, xác định vấn đề cần giải quyết, xây dựng tiêu chí của sản phẩm/giải pháp giải quyết vấn đề, thiết kế tiến trình tổ chức hoạt động dạy học.
Với bước 1, căn cứ vào nội dung kiến thức trong chương trình môn học và các hiện tượng, quá trình gắn với các kiến thức đó trong tự nhiên, xã hội; quy trình hoặc thiết bị công nghệ ứng dụng kiến thức đó trong thực tiễn để lựa chọn nội dung của bài học Stem.
Bước xác định vấn đề cần giải quyết để giao cho học sinh thực hiện, Bộ GD&ĐT lưu ý cần làm sao để khi giải quyết vấn đề đó, học sinh phải học được những kiến thức, kĩ năng cần dạy trong chương trình môn học đã được lựa chọn, hoặc vận dụng những kiến thức, kỹ năng đã biết để xây dựng bài học.
Ở bước xây dựng tiêu chí của sản phẩm/giải pháp giải quyết vấn đề, cần xác định rõ tiêu chí của giải pháp/sản phẩm làm căn cứ quan trọng để đề xuất giả thuyết khoa học/giải pháp giải quyết vấn đề/thiết kế mẫu sản phẩm.
Bước cuối cùng - thiết kế tiến trình tổ chức hoạt động dạy học, Bộ GD&ĐT lưu ý: Tiến trình tổ chức hoạt động dạy học Stem được thiết kế theo các phương pháp và kĩ thuật dạy học tích cực với các hoạt động học bao hàm các bước của quy trình kĩ thuật.
Mỗi hoạt động học được thiết kế rõ ràng về mục đích, nội dung, dự kiến sản phẩm học tập mà học sinh phải hoàn thành và cách thức tổ chức hoạt động học tập. Các hoạt động học tập đó có thể được tổ chức cả ở trong và ngoài lớp học (ở trường, ở nhà và cộng đồng).
Cần thiết kế bài học điện tử trên mạng để hướng dẫn, hỗ trợ hoạt động học của học sinh bên ngoài lớp học.