Trong phần tự bào chữa, bị cáo Trần Xuân Yến cho biết không nhất trí với cáo trạng mà Viện kiểm sát nhân dân (VKSND) tỉnh Sơn La đã cáo buộc với tội danh: Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Trần Xuân Yến cho biết, VKSND quy kết ông có động cơ cá nhân khác để nhận thông tin 13 thí sinh nhằm sửa bài để nâng điểm là không đúng. Bị cáo Yến cho rằng hồ sơ của cơ quan an ninh điều tra đã kết luận không ai nhờ ông nâng điểm. Ông cũng không có động cơ vụ lợi nào trong vụ án.
Việc VKSND cáo buộc bị cáo chịu trách nhiệm chính giám sát thành viên Tổ xử lý bài thi trắc nghiệm và chịu trách nhiệm kết quả bài thi là không có cơ sở pháp lý. Bị cáo Yến cho rằng, trong kỳ thi THPT quốc gia năm 2018, Thông tư số 04 của Bộ GD&ĐT quy định quá trình chấm thi phải bố trí bộ phận giám sát gồm công an và thanh tra.
Bị cáo Yến phân tích: "Như vậy, bị cáo là đối tượng được giám sát, không phải người giám sát. Thông tư 04 cũng không có điều khoản nào quy định bị cáo phải chịu trách nhiệm về kết quả chấm thi".
Với cáo buộc đồng thuận, cho phép cấp dưới rút bài thi trắc nghiệm mang về nhà để sửa nâng điểm, ông Yến nói rằng quy kết này không đúng bởi cơ quan điều tra đã kết luận và lời khai các bị cáo khác đã khẳng định không ai được ông chỉ đạo làm việc này. Liên quan đến cáo buộc chỉ đạo Nguyễn Thị Hồng Nga xóa dữ liệu máy tính để nâng điểm thi sau khi có đoàn thanh tra, ông Yến cũng bác bỏ luận tội của đại diện VKSND trước tòa.
Bởi, theo Trần Xuân Yến, dữ liệu gửi về Bộ GD&ĐT không có ảnh quét bài thi. Qua sai phạm trong kỳ thi THPT quốc gia tại Hà Giang, ông Yến nhận thấy việc can thiệp để sửa điểm có thể được thực hiện trên máy tính ở khâu xử lý ảnh. Để phát hiện ra sai phạm này (nếu có) thì phải có ảnh quét bài gốc để đối chiếu. Do đó, theo ông Yến, việc sao lưu dữ liệu để bảo quản là cần thiết.
Tuy nhiên, tại Tòa, đại diện VKSND cho rằng quá trình điều tra, ông Yến khai nhận phù hợp với lời khai của các bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga, Đặng Hữu Thủy và Cầm Thị Bun Sọn về hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, với tình tiết phạm tội nhiều lần.
Đại diện VKSND khẳng định: Lời khai của ông Yến và các bị cáo khác cũng như các chứng cứ bổ trợ cho thấy, Yến đã không chỉ đạo niêm phong bài thi sau khi thi. Đến chiều 4/7/2018, bị cáo Yến mới ban hành quy định niêm phong.
Đại diện VKSND cũng cho biết, sau khi đoàn công tác của Bộ GD&ĐT lên thanh tra, Trần Xuân Yến đã mang các bộ đĩa CD ra nghĩa trang để đốt với mục đích phi tang. Sau đó, cơ quan điều tra khám nghiệm hiện trường và đã thu được các mẫu than đĩa bị đốt.
Bên cạnh đó, đại diện VKSND cũng khẳng định có căn cứ cho thấy Trần Xuân Yến đã chỉ đạo Nguyễn Thị Hồng Nga xóa dữ liệu trên máy tính để trốn tội. Cơ quan điều tra khi giám định chứng cứ cũng đã phát hiện dấu vết của hành vi tẩy xóa này. Do đó, đã có đủ căn cứ để buộc tội bị cáo Yến phạm tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ.
