Quy hoạch nhằm bố trí hợp lý ngân sách nhà nước dành cho hoạt động dịch vụ sự nghiệp công; bảo đảm tổ chức bộ máy tinh gọn, đồng bộ, thống nhất giữa các lĩnh vực; tạo đột phá trong quản lý, từng bước xóa bỏ sự can thiệp và bao cấp của Nhà nước đối với hoạt động của đơn vị sự nghiệp; nâng cao chất lượng dịch vụ sự nghiệp công về tài nguyên và môi trường.
Bên cạnh đó, tăng cường phân cấp, thực hiện giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao hơn cho các đơn vị sự nghiệp công lập đồng bộ cả về tổ chức thực hiện nhiệm vụ, nhân lực, tài chính, có tính đến đặc điểm từng loại hình đơn vị, khả năng và trình độ quản lý nhằm thúc đẩy các đơn vị sự nghiệp công phát triển lành mạnh, bền vững.
Về sự nghiệp khoa học và công nghệ, giai đoạn đến năm 2020, duy trì hoạt động của 7 Viện, gồm 4 Viện trực thuộc Bộ (Viện Chiến lược, Chính sách tài nguyên và môi trường; Viện Khoa học Đo đạc và Bản đồ; Viện Khoa học Địa chất và Khoáng sản; Viện Khoa học Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu); 3 Viện thuộc các Tổng cục (Viện Nghiên cứu biển và hải đảo trực thuộc Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam; Viện Khoa học môi trường trực thuộc Tổng cục Môi trường; Viện Nghiên cứu quản lý đất đai trực thuộc Tổng cục Quản lý đất đai). Thành lập Viện Khoa học tài nguyên nước trực thuộc Bộ. Các Viện thuộc Bộ hoạt động theo cơ chế tự chủ đối với tổ chức khoa học và công nghệ.
Giai đoạn 2021 - 2030, xem xét, nâng cấp Viện Nghiên cứu biển và hải đảo trực thuộc Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam trở thành Viện trực thuộc Bộ khi đủ điều kiện. Các Viện thuộc Bộ hoạt động ổn định theo cơ chế tự chủ đối với tổ chức khoa học và công nghệ.
