Cụ thể, với việc quản lý, sử dụng sổ ghi đầu bài, chưa ghi đầy đủ các nội dung được yêu cầu trong sổ, một số tiết học không ghi số tiết chương trình hoặc ghi chưa đúng, chưa thực hiện đầy đủ việc tổng kết cuối tuần, cập nhật tiến độ dạy bù, dạy trái buổi chưa phù hợp, thiếu chữ ký kiểm tra của hiệu trưởng.
Quản lý sử dụng sổ gọi tên ghi điểm còn sai sót, nhầm lẫn khi vào điểm, đánh giá môn học, đánh giá hạnh kiểm học sinh; sửa điểm không đúng quy định; thiếu cột điểm thường xuyên ở một số môn học; chưa thực hiện việc khóa điểm theo quy định; tổng kết số ngày nghỉ của học sinh không chính xác; chưa đóng dấu giáp lai; thiếu chữ ký kiểm tra xác nhận của hiệu trưởng;
Quản lý, sử dụng học bạ: chưa ghi đầy đủ điểm các bộ môn, chưa ghi đầy đủ thông tin và cập nhật số buổi vắng của học sinh vào học bạ, học bạ một số lớp chưa hoàn thành việc đóng dấu giáp lai, ký phê duyệt của hiệu trưởng.
Để đảm bảo việc sử dụng hồ sơ sổ sách của nhà trường và học bạ của học sinh đúng quy định, Sở GD&ĐT Phú Yên yêu cầu các đơn vị hoàn thành đúng quy định, đúng thời gian các loại hồ sơ, sổ sách chuyên môn của nhà trường và học bạ của học sinh. Hiệu trưởng nhà trường (hoặc phân công cấp phó) chịu trách nhiệm kiểm tra, ký xác nhận các loại hồ sơ sổ sách và tổ chức lưu trữ, bảo quản đúng quy định.