Ban Tổ chức sẽ tiến hành áp dụng phần mềm đăng ký trực tuyến bắt đầu từ 5 khu vực, các đơn vị căn cứ vào thông báo của các khu vực để tiến hành đăng ký. Sau khi các khu vực thống nhất được thời gian tổ chức, sẽ có ngày hết hạn đăng ký từng mẫu theo quy định.
Cụ thể, đăng ký sơ bộ trước 30 ngày; đăng ký chính thức toàn đoàn và các nội dung thi đấu trước 15 ngày. Hệ thống sẽ tự động đóng trước 15 ngày tổ chức chính thức tại các khu vực và toàn quốc.
Căn cứ vào lịch tổ chức Hội khỏe Phù Đổng toàn quốc lần thứ IX tại 5 khu vực và toàn quốc, Ban Tổ chức sẽ quy định lại yêu cầu về thời gian đối với các mẫu.
Sau khi các đơn vị cử cán bộ phụ trách, Ban Tổ chức sẽ gửi quy trình, hướng dẫn đăng ký chi tiết qua đường thư điện tử (email) và cập nhật trên phần mềm đăng ký. Các đơn vị chủ động chuẩn bị thông tin về cán bộ đoàn, vận động viên để đăng ký trên phần mềm.
Ban Tổ chức sẽ hỗ trợ các đơn vị trong quá trình đăng ký và các thông tin sẽ được gửi trực tiếp qua email của cán bộ phụ trách và được đăng tải trên phần mềm.
Bộ GD&ĐT đề nghị các đơn vị cử 2 cán bộ thường trực phụ trách tiếp nhận thông tin, hướng dẫn từ Ban tổ chức (thông tin gồm họ và tên, đơn vị, điện thoại di động, email).
Để đảm bảo tính thống nhất, sự chính xác về thông tin và hiệu quả của công tác tổ chức, hình thức đăng ký trực tuyến sẽ là hình thức duy nhất, có giá trị sử dụng. Vì vậy, Bộ GD&ĐT yêu cầu đơn vị nào sai so với quy định thời gian của hệ thống, Ban tổ chức sẽ không chấp nhận và đơn vị đó tự chịu trách nhiệm về đăng ký của đoàn mình.
Nhằm đảm bảo kịp thời và giảm thiểu thủ tục hành chính, tránh lãng phí, tất cả các văn bản triển khai sẽ được scan và gửi email đến các đơn vị.