Năm 1982, ông nội của Duvalier đã bán số dầu thô trị giá 11 triệu USD do Mexico viện trợ cho chế độ phân biệt chủng tộc Apartheid ở Nam Phi.
Sự sụp đổ của chính quyền này đã được tiên báo bởi chuyến viếng thăm của Đức Giáo hoàng John Paul II vào năm 1983, khi ông kêu gọi các giáo sĩ sùng đạo thúc đẩy sự thay đổi ở nơi này.
Chỉ một tháng sau, 830 giáo sĩ đã ký một bản kiến nghị kêu gọi Giáo hội tập trung vào người nghèo. Chính quyền Duvalier đã sử dụng đội quân của lực lượng an ninh đàn áp đẫm máu phong trào này.
Sự đàn áp mạnh mẽ đến nỗi nhà sử học James Ferguson nhận xét: Cứ mỗi giáo sĩ chịu sự quản lý, áp bức của 189 thành viên lực lượng an ninh. Mặc dù vậy, phong trào của các giáo sĩ vẫn gây tiếng vang lớn và lan rộng trong người dân, trong đó hệ thống đài phát thanh như đài Mặt trời của Giáo hội đóng vai trò lớn trong việc truyền đi các thông điệp của những người nổi dậy.
Sau nhiều lần do dự, cuối cùng, Duvalier quyết định ra đi để giữ mạng sống và yểm bùa người kế nhiệm. Đêm 5/2/1986, Duvalier lệnh cho thầy pháp được ưa thích của mình là Ernest Simon yểm bùa chiếc giường của tổng thống để ai nằm vào đó cũng phải chết một cách khủng khiếp.
Thầy pháp đã sử dụng 2 trẻ sơ sinh chưa được rửa tội để hiến sinh trong nghi lễ này. Hai trẻ sơ sinh này đã được mua lại từ bệnh viện với giá 400 USD.
Một trong hai đứa trẻ là bé gái đã được trả lại, vì “các vị thần” yêu cầu phải hiến sinh bằng dòng máu từ người nam. Với sự hiện diện lạnh lùng của Duvalier và vợ, trẻ sơ sinh nam xấu số đã chết trên giường của Duvalier sau nhiều giờ hành lễ, bị ép sử dụng rượu rhum và thảo mộc.
Hai ngày sau, chính phủ Mỹ đã gửi một chiếc máy bay vận tải từ căn cứ tại vịnh Guantanamo, chở đầy tiền mặt, đồ trang sức, bạc, tranh vẽ, đồ cổ, lông thú, giày dép…
Chuyến bay tới Pháp vào giữa đêm. Tại đó, vợ chồng Duvalier ở tại khách sạn del"Abbaye bên hồ Annecy ở Talloires, cho đến khi chủ sở hữu của khách sạn này phải viện đến luật pháp để trục xuất hai vị khách này.
Hai vợ chồng Duvalier tiếp tục thuê một biệt thự gần Cannes của Adnan Khashoggi, một đại gia vũ khí Ả-rập Xê-út, và tiếp tục sống một cuộc sống vương giả tại nơi này. Tiền đổ về gia đình Duvalier từ các tài khoản gây tranh cãi ở nhiều thành phố khác nhau, trong đó có tài khoản của ngân hàng Barclays ở London và Amro ở Geneva.
Duvalier tiếp tục sống một cuộc sống xa hoa và hưởng thụ, với những mối tình với các cô tình nhân của anh em vợ. Michèle, vốn lắm lời và chưa bao giờ là một người mẹ tận tụy, đã vô cùng thất vọng. Cặp vợ chồng này đã ly hôn theo ủy quyền tại Cộng hòa Dominican vào năm 1989. Michèle giành quyền nuôi hai đứa con là Nicolas và Anya, đồng thời được chi trả 7.500 USD hàng tháng.
Trong suốt 15 năm trị vì của Jean-Claude Duvalier, đội quân Tontons Macoutes của ông ta đã thực hiện khoảng 30.000 vụ giết người.
Năm 2000, Duvalier tuyên bố sẽ quyết tâm trở lại Haiti “ngay khi điều kiện cho phép”. Năm 2011, Duvalier đã cùng người tình là Vèronique Roy trở lại Haiti, ngay sau khi đất nước này trải qua trận động đất thế kỷ.
Mặc dù Duvalier nói rằng ông muốn giúp đỡ đất nước tái thiết, nhưng nhiều người cho rằng, thật ra Duvalier chỉ muốn hóa giải những quy định mới của ngân hàng Thụy Sĩ nhằm ngăn cản nhà độc tài này truy cập vào các quỹ xấu.
Trong lần trở lại này, Duvalier đã bị bắt vì tội tham ô và các tội danh khác. Tuy nhiên, cuối cùng Duvalier vẫn thoát thân và tiếp tục sống ở Port-au-Prince và qua đời vì bệnh tim.
