Nước ta, từ khi bắt đầu chính thức mở hệ thống đào tạo Nho học vào thời Lý, cũng đã lập Văn Miếu thờ Khổng Tử.
Ở Trung Quốc, từ thời Hán, Khổng Tử đã được vua Hán phong tước công (Bao Thành Tuyên Ni công), là tước vị đứng đầu trong năm bậc quý tộc.
Sang đến đời Đường, Khổng Tử còn được phong lên tước vương, khi vua Đường Huyền Tông phong ông làm Văn Tuyên vương.
Đến đời Tống, vua Tống Chân Tông gia phong thêm mỹ hiệu vào tước vương này, nâng Khổng Tử lên thành Đại thánh Văn Tuyên vương. Sang đời Thanh, vua Thanh Thế Tổ (tức vua Thuận Trị) tiếp tục tăng thêm mỹ hiệu cho vị Thánh của đạo Nho, là Đại thành chí thánh Văn Tuyên vương Thánh sư.
Ở nước ta, Văn Miếu bắt đầu được vua Lý Thánh Tông cho xây dựng vào năm 1070, niên hiệu Thần Vũ năm thứ hai.
“Đại Việt sử ký toàn thư” chép rằng: “Mùa Thu tháng 8, làm Văn Miếu, đắp tượng Khổng Tử, Chu Công và Tứ phối, vẽ tượng Thất thập nhị hiền, bốn mùa cúng tế. Hoàng thái tử đến đấy học”. Đến năm 1076 thì vua Lý Nhân Tông cho lập trường Quốc Tử Giám cạnh Văn Miếu.
Thời Lê, Văn Miếu được xây ở các trấn, sau đó là các tỉnh. Tuy nhiên đến đầu thời Nguyễn, ngay trong năm Gia Long thứ nhất (1802), vua Gia Long đã sai triệt bớt Văn Miếu ở cấp phủ, huyện trở xuống.
Theo “Đại Nam thực lục” thì khi đó, trấn thần Thanh Hóa tâu lên vua rằng ba phủ Hà Trung, Thiệu Thiên, Tĩnh Gia trước đã có Văn Miếu ở đây, xin theo lệ cũ triều Lê, hằng năm mùa Xuân mùa Thu đến tế. Vua bảo Lễ bộ rằng: “Kính, nghĩa là chủ một, một thì phải chuyên, nhiều thì nhàm. Vậy bàn bớt đi”. Sau đó, nhà vua hạ lệnh chỉ lập một miếu ở dinh trấn (sau đến thời vua Minh Mạng đổi là tỉnh) để chuyên thờ.
Ở Văn Miếu tại Hà Nội, phía trên tượng Khổng Tử, có bức hoành phi chạm bốn chữ “Vạn thế sư biểu”, theo sử sách là do vua Khang Hy nhà Thanh tự tay viết, ban cho sứ thần nước ta đem về khắc treo.
Theo sử sách thì vào thời Lê, trong Văn Miếu Thăng Long có thờ tượng Khổng Tử mặc trang phục của vua.
Bộ “Đại Việt sử ký tục biên” chép rằng: Năm Cảnh Hưng thứ 16 (1755), thời vua Lê Hiển Tông, triều đình bắt đầu chế áo cổn, mũ miện mặc vào cho bức tượng Khổng Tử. Đó là theo lời bàn của Tham tụng Nguyễn Huy Nhuận rằng: “Thánh nhân là thầy của đế vương muôn đời, mà lễ phục vẫn dùng phẩm phục quan Tư khấu (tức quan coi việc hình án thời nhà Chu, Khổng Tử lúc sinh thời làm quan Tư khấu của nước Lỗ), không tỏ được lòng tôn sùng”. Triều đình bèn đổi làm mũ miện, áo cổn là phẩm phục của vương giả để thờ.
Như vậy, có lẽ thời Lê, khi cúng tế Khổng Tử, trong bài văn tế sẽ gọi ông theo tước vị là “Văn Tuyên vương”. Nhưng đến thời Nguyễn, vua Gia Long đã ra lệnh không gọi Khổng Tử theo tước vương nữa, mà sai gọi ông là “Chí thánh tiên sư”.
“Đại Nam thực lục” chép: “Gia Long năm thứ 7 (1808), mùa Hạ, tháng 4, vua tôn chuộng đạo Nho, rất chú ý việc lễ nhạc, từng hỏi Lễ bộ rằng: “Thiên tử thân tế Văn Miếu, sau ba tuần hiến rượu có tiết “ẩm phúc thụ tộ” (uống rượu và ăn thịt để tỏ ra được thần ban phúc) thì ở trong sách Lễ có không?”. Nguyễn Gia Cát (Tham tri bộ Lễ) thưa rằng: “Không có. Thần xem Hội điển nhà Minh nhà Thanh thì tiết này là chỉ đặt ra cho quan đứng để thay vua mà thôi”.
Vua khen phải. Nhân dụ bầy tôi rằng: “Trong Văn Miếu trước có tượng, hiệu là Văn Tuyên vương. Trẫm nghĩ rằng tước vương tuy trọng, nhưng không hợp nghĩa tôn thầy, tượng tuy cổ thật, song gần như là khinh nhờn. Đó là vì khi bắt đầu gây dựng còn noi theo chế độ các đời trước, chưa rỗi chỉnh đốn lại. Nay bàn lễ xét văn là trách nhiệm ở trẫm, bọn khanh nên hiểu ý trẫm, tâu bày việc đó cho trẫm nghe”.
Bầy tôi xin theo chế độ nhà Minh, đổi làm bài vị, xưng là Chí thánh tiên sư Khổng Tử cho hợp lễ ý. Vua cho là phải.
Sau đó, tượng Khổng Tử ở các Văn Miếu đều dỡ đi, chỉ để bài vị để thờ. Về bức tượng Khổng Tử trong Văn Miếu Hà Nội ngày nay, theo Ban Quản lý di tích Văn Miếu - Quốc Tử Giám, là được sưu tầm từ huyện Từ Liêm vào thập niên 1960 đem về thờ.
Còn phía sau bức tượng Khổng Tử này, có khám thờ, trên có ngai, trước đây có bài vị cổ đề hàng chữ: “Đại thành chí thánh Tiên sư Khổng Tử thần vị”, nhưng theo thông tin từ Sở VH&TT Hà Nội thì bài vị từ thời xưa đã bị mất.
Cũng năm 1808, vua Gia Long sai Lễ bộ bàn định quy thức Văn Miếu ở các thành dinh trấn. Theo đó, quy chế miếu thì chính đường ba gian bốn chái, tiền đường năm gian hai chái, phía hữu dựng đền Khải thánh (tức miếu thờ cha mẹ sinh ra Khổng Tử) ba gian hai chái). Phàm nhà cửa, biển ngạch, bài vị, đồ thờ, cho đến nghi tiết tế tự, đều chép làm giáp lệnh để ban hành. Các Văn Miếu đều được cấp mấy chục người phu để dọn dẹp vệ sinh, phục dịch vào dịp lễ tế.
Dù vua Gia Long đặt lệnh chỉ lập Văn Miếu ở cấp trấn, nhưng đến cuối triều đại này, Văn Miếu được xây xuống đến cả cấp phủ, huyện. Dưới cấp tổng, xã, thôn cũng có các miếu thờ Khổng Tử, với tên gọi Văn Miếu, Thánh Từ, văn chỉ…
