Hai ĐHQG là mô hình tự chủ cao thực hiện theo quy định của Chính phủ; chịu sự quản lý Nhà nước của Bộ GD&ĐT, các bộ, ngành khác theo lĩnh vực chuyên môn và UBND thành phố nơi ĐHQG đặt địa điểm trong phạm vi chức năng theo quy định của Chính phủ và pháp luật.
Năm 1994, Chính phủ thành lập ba ĐH vùng gồm: ĐH Huế, ĐH Thái Nguyên và ĐH Đà Nẵng. Mô hình hai ĐHQG và ba ĐH vùng cho thấy cơ chế quản lý mới đối với cơ sở giáo dục đại học (ĐH) công lập; làm tiền đề cho việc hình thành, phát triển chính sách tự chủ ĐH ở Việt Nam
Theo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Giáo dục ĐH, trường ĐH và ĐH là hai khái niệm khác nhau. Trường ĐH, học viện là cơ sở giáo dục ĐH đào tạo, nghiên cứu nhiều ngành, được cơ cấu tổ chức theo quy định của Luật. ĐH là cơ sở giáo dục ĐH đào tạo, nghiên cứu nhiều lĩnh vực, được cơ cấu tổ chức theo quy định của Luật; các đơn vị cấu thành ĐH cùng thống nhất thực hiện mục tiêu, sứ mạng, nhiệm vụ chung.
Việc chuyển trường ĐH thành ĐH được quy định chi tiết tại Nghị định số 99/2019/NĐ-CP ngày 30/12/2019. Theo đó, có 3 điều kiện để chuyển trường ĐH thành ĐH: Trường ĐH được công nhận đạt chuẩn chất lượng cơ sở giáo dục ĐH bởi tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục hợp pháp.
Có ít nhất 3 trường thuộc trường ĐH được thành lập theo quy định; có ít nhất 10 ngành đào tạo đến trình độ tiến sĩ; quy mô đào tạo chính quy trên 15 nghìn người. Có ý kiến chấp thuận của cơ quan quản lý trực tiếp đối với trường ĐH công lập; có sự đồng thuận của các nhà đầu tư đại diện ít nhất 75% tổng số vốn góp đối với trường ĐH tư thục, trường ĐH tư thục hoạt động không vì lợi nhuận.
Sau khi Nghị định 99 có hiệu lực, trường ĐH thực hiện chuyển thành ĐH đầu tiên là ĐH Bách khoa Hà Nội (Quyết định số 1512/QĐ-TTg ngày 2/12/2022); sau đó là ĐH Kinh tế TP Hồ Chí Minh (Quyết định số 1146/QĐ-TTg ngày 4/10/2023). Ngoài ra, một số cơ sở giáo dục ĐH khác đang có lộ trình, phấn đấu trở thành ĐH như: Trường ĐH Cần Thơ, Trường ĐH Y Hà Nội, Trường ĐH Kinh tế Quốc dân, Trường ĐH Công nghiệp Hà Nội…
Hình thành các ĐH lớn, đào tạo đa ngành, đa lĩnh vực là xu hướng chung toàn cầu. Nhiều lợi ích đem lại từ tiến trình phát triển trường ĐH thành ĐH, như đổi mới cấu trúc, hệ thống quản trị bên trong, bộ máy gọn nhẹ hơn, ngân sách được đầu tư tập trung; đẩy mạnh phân cấp, phân quyền cho từng đơn vị, giúp tăng tính tự chủ. Thay đổi cơ cấu thông qua việc có thể sáp nhập, hợp nhất một số khoa, viện thành trường thành viên sẽ mang tính liên ngành nhiều hơn, giúp nâng cao chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học…
Tuy nhiên, không ít chuyên gia cảnh báo cần tránh việc các trường ĐH đua nhau thành ĐH; chuyển đổi mô hình không phải vì mục tiêu chất lượng mà nhằm mở rộng quy mô, tăng chỉ tiêu tuyển sinh, từ đó nâng cao nguồn thu. Hoặc khi thành ĐH, việc sáp nhập chỉ mang tính cơ học, các trường thành viên kết nối lỏng lẻo. Từ đó, chuyên gia cho rằng, phải thận trọng trong việc phê duyệt chuyển đổi, làm sao bảo đảm các ĐH này phải thực sự là đa lĩnh vực; đồng thời kiểm soát chất lượng các cơ sở giáo dục sau khi chuyển đổi thành ĐH.
Về việc này, Thứ trưởng Bộ GD&ĐT Hoàng Minh Sơn từng chia sẻ: Không phải cứ lên ĐH là tốt hơn; quan trọng là trường đó phải đủ năng lực, điều kiện, quy mô đào tạo. Các trường trung bình, nhỏ, năng lực tự chủ chưa cao thì mô hình ĐH là không phù hợp. Cũng không nên đánh giá trường ĐH hay ĐH có lợi hơn; đồng thời không coi đây là xu hướng, bởi mỗi cơ sở sẽ phù hợp với một mô hình riêng.
