Cụ thể, thành lập Ban Quản lý khu kinh tế, công nghiệp tỉnh Thừa Thiên-Huế (Ban Quản lý) trên cơ sở tổ chức lại Ban Quản lý khu kinh tế Chân Mây-Lăng Cô được thành lập theo Quyết định số 385/2006/QĐ-TTg ngày 9/3/2006 của Thủ tướng Chính phủ và Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Thừa Thiên-Huế được thành lập theo Quyết định số 40/1999/QĐ-TTg ngày 6/3/1999 của Thủ tướng Chính phủ.
Ban Quản lý là cơ quan trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Thừa Thiên-Huế, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với các khu công nghiệp, khu kinh tế và khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh Thừa Thiên-Huế; quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất kinh doanh cho nhà đầu tư trong các khu công nghiệp, khu kinh tế, khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật.
Ban Quản lý thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Nghị định số 118/2015/NĐ-CP ngày 12/11/2015 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư; Điều 37 và 38 Nghị định 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế và Khoản 21 Điều 1 Nghị định 164/2013/NĐ-CP ngày 12/11/2013 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 29/2008/NĐ-CP; Điều 11 Quyết định 45/2013/QĐ-TTg ngày 25/7/2013 của Thủ tướng Chính phủ về quy chế điều hành hoạt động tại các cửa khẩu biên giới đất liền.
Ban Quản lý có Trưởng ban và không quá 3 Phó Trưởng ban. Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý, gồm: Văn phòng, các phòng chuyên môn, nghiệp vụ; các Văn phòng Đại diện; các đơn vị sự nghiệp trực thuộc.