Đại học phải là cơ sở giáo dục đại học đào tạo đa lĩnh vực, trong đó có đào tạo sau đại học đến trình độ tiến sĩ ở một số lĩnh vực thế mạnh; có cơ cấu linh hoạt bao gồm tổ hợp các trường đại học, viện nghiên cứu thành viên và/hoặc các trường chuyên ngành để phù hợp với thực tiễn Việt Nam, khi hầu hết các trường đại học lớn đều đang thuộc hai đại học quốc gia.
Trong đại học phải có trường đào tạo khoa học cơ bản để nghiên cứu đào tạo các kiến thức nền tảng cho các ngành khác theo xu hướng quốc tế; có khoa và một số đơn vị trực thuộc khác, đủ năng lực góp phần phát triển địa phương, vùng và đất nước.
Trong đó, do đặc thù của Việt Nam, các đại học quốc gia được thành lập để thực hiện sứ mệnh đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao cho đất nước, phát triển thành một trong các cơ sở giáo dục đại học hàng đầu ở Việt Nam nên dự thảo Luật quy định đại học quốc gia là đại học công lập thực hiện nhiệm vụ chiến lược quốc gia về giáo dục đại học, có quy chế tổ chức và hoạt động riêng do Chính phủ quy định.
Các đại học khác (bao gồm cả các đại học đang thực hiện theo quy chế đại học vùng) thực hiện theo mô hình chung của đại học (bao gồm tổ hợp các trường đại học thành viên và/hoặc các trường chuyên ngành).
Với các quy định về đại học như trên, các cơ sở giáo dục đại học ngoài công lập cũng có thể trở thành đại học nếu đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật.
Cùng với cơ chế mới về phân bổ nguồn lực cho giáo dục đại học theo nguyên tắc cạnh tranh, bình đẳng, hiệu quả (sửa đổi, bổ sung Điều 12 Luật giáo dục đại học ), thực hiện tự chủ đại học và chuyển từ học phí sang giá trong toàn hệ thống… quy định này sẽ góp phần phát triển các cơ sở giáo dục đại học ngoài công lập ở Việt Nam trong thời gian tới.
Trường đại học, học viện là chế định chung, học viện là một loại trường đại học. Quy định như vậy để phù hợp với thực tế hiện nay ở Việt Nam khi hầu hết các trường đại học, học viện về cơ bản có chức năng đào tạo như nhau (đào tạo một hoặc nhiều lĩnh vực, có khoa, bộ môn và một số đơn vị trực thuộc khác).
Nhiều nước trên thế giới cũng không có sự phân biệt rõ về nội hàm của tất cả các cơ sở giáo dục đại học theo tên gọi mà vẫn có một số cơ sở giáo dục đại học có tên gọi riêng khác với đa số các cơ sở khác trong hệ thống để giữ truyền thống, tôn trọng tên gọi và quá trình phát triển trong lịch sử của mỗi trường.
Do đó, hệ thống cơ sở giáo dục đại học theo Dự thảo gồm đại học, trường đại học để đảm bảo tính thống nhất, phù hợp với điều kiện thực tiễn hiện nay ở Việt Nam.
Hệ thống cơ sở giáo dục đại học sẽ được phân loại theo định hướng nghiên cứu, định hướng ứng dụng (sửa Điều 7) để có chính sách phù hợp với mỗi loại; được tham gia xếp hạng theo các bảng xếp hạng trong nước và quốc tế (sửa Điều 9); tham gia kiểm định chất lượng và công khai kết quả kiểm định (sửa Điều 52)…
Theo Dự thảo Luật Giáo dục đại học, phân loại cơ sở giáo dục đại học được dựa theo: mô hình tổ chức; theo hình thức sở hữu; và định hướng hoạt động.
Theo mô hình tổ chức: đại học và trường đại học.
Theo hình thức sở hữu: công lập và ngoài công lập. Các cơ sở ngoài công lập bao gồm: tư thục, có vốn đầu tư nước ngoài, tư thục hoạt động không vì lợi nhuận, có vốn đầu tư hoạt động không vì lợi nhuận (sửa khoản 1 Điều 48 Luật Giáo dục).
Theo định hướng hoạt động: cơ sở giáo dục đại học định hướng nghiên cứu hoặc cơ sở giáo dục đại học định hướng ứng dụng.
Dự thảo đã quy định rõ hơn về khái niệm đại học, trường đại học, trường đại học công lập, ngoài công lập, trường đại học ngoài công lập hoạt động không vì lợi nhuận. Giao Chính phủ quy định tiêu chí cơ sở giáo dục đại học định hướng nghiên cứu để làm cơ sở phân loại theo định hướng hoạt động.