Để thực hiện mục tiêu đổi mới, Chương trình GDPT mới vừa phải kế thừa và phát triển những ưu điểm của Chương trình GDPT hiện hành, vừa phải khắc phục những hạn chế, bất cập của chương trình này. Những điểm cần khắc phục cũng chính là những khác biệt chủ yếu của chương trình mới so với chương trình hiện hành.
Theo đó, chương trình GDPT mới được xây dựng theo mô hình phát triển năng lực, thông qua những kiến thức cơ bản, thiết thực, hiện đại và các phương pháp tích cực hóa hoạt động của người học, giúp học sinh hình thành và phát triển những phẩm chất và năng lực mà nhà trường và xã hội kì vọng.
Chương trình GDPT mới phân biệt rõ hai giai đoạn: giai đoạn giáo dục cơ bản (từ lớp 1 đến lớp 9) và giai đoạn giáo dục định hướng nghề nghiệp (từ lớp 10 đến lớp 12).
Chương trình mới cũng chú ý hơn đến tính kết nối giữa chương trình của các lớp học, cấp học trong từng môn học và giữa chương trình của các môn học trong từng lớp học, cấp học. Việc xây dựng Chương trình tổng thể, lần đầu tiên được thực hiện tại Việt Nam, đặt cơ sở cho sự kết nối này.
Chương trình bảo đảm định hướng thống nhất và những nội dung giáo dục cốt lõi, bắt buộc đối với học sinh toàn quốc, đồng thời trao quyền chủ động và trách nhiệm cho địa phương và nhà trường trong việc lựa chọn, bổ sung một số nội dung giáo dục và triển khai kế hoạch giáo dục phù hợp với đối tượng giáo dục và điều kiện của địa phương, của cơ sở giáo dục, góp phần bảo đảm kết nối hoạt động của nhà trường với gia đình, chính quyền và xã hội.
Chương trình GDPT mới thực hiện yêu cầu của Nghị quyết 29 và Nghị quyết 88: “Chuyển mạnh quá trình giáo dục từ chủ yếu trang bị kiến thức sang phát triển toàn diện năng lực và phẩm chất người học.”. Thực hiện yêu cầu của Nghị quyết 29, Nghị quyết 88 và Quyết định 404, Chương trình GDPT mới “tích hợp cao ở các lớp học dưới và phân hóa dần ở các lớp học trên”; được xây dựng theo hướng mở; nội dung giáo dục hướng nghiệp được thiết kế thành các hoạt động của nhà trường phối hợp với gia đình và doanh nghiệp, được thực hiện ở nhiều môn học khác nhau phù hợp với đặc thù của mỗi môn học.
Thực hiện Nghị quyết 29, Nghị quyết 88 và Quyết định 404, cùng với việc xây dựng Chương trình GDPT mới, Bộ GD&ĐT đã xây dựng đề án sắp xếp lại mạng lưới cơ sở đào tạo giáo viên và đổi mới chương trình đào tạo; xây dựng chuẩn nghề nghiệp giảng viên sư phạm; xây dựng và ban hành chuẩn nghề nghiệp giáo viên, chuẩn hiệu trưởng trường phổ thông; biên soạn tài liệu bồi dưỡng giáo viên và cán bộ quản lí giáo dục để thực hiện Chương trình GDPT mới; tích cực phối hợp với các địa phương rà soát, chuẩn bị các điều kiện về đội ngũ giáo viên, cơ sở vật chất để thực hiện thành công chương trình.