Ban Chỉ đạo quốc gia về y tế biển, đảo được thành lập theo Quyết định 683/QĐ-TTg do Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến làm Trưởng Ban Chỉ đạo.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ tham mưu cho Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều phối, tổ chức triển khai thực hiện các chủ trương, chính sách, giải pháp lớn của Đảng và Chính phủ về phát triển y tế biển, đảo; huy động, điều động lực lượng, phương tiện phục vụ y tế trên toàn quốc trong các tình huống khẩn cấp.
Bên cạnh đó, thực hiện chức năng quản lý, giám sát việc tổ chức thực hiện Đề án phát triển y tế biển, đảo Việt Nam đến năm 2020.