Theo đó, phòng này tham mưu, giúp Vụ trưởng Vụ Pháp chế trong việc kiểm soát thủ tục hành chính; tiếp nhận và xử lý phản ánh, kiến nghị của cá nhân, tổ chức về quy định hành chính thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ GD&ĐT theo quy định của pháp luật.
Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính thực hiện các nhiệm vụ: Hướng dẫn, kiểm tra việc điền biểu mẫu đánh giá tác động và tính toán chi phí tuân thủ thủ tục hành chính của các đơn vị được phân công chủ trì soạn thảo văn bản quy phạm pháp luật; đánh giá độc lập tác động của thủ tục hành chính quy định trong dự thảo văn bản quy phạm pháp luật thuộc thẩm quyền ban hành của Bộ trưởng;
Phối hợp với các đơn vị chức năng thuộc Bộ kiểm tra lần cuối về sự cần thiết, tính hợp pháp, hợp lý của quy định về thủ tục hành chính. Trong trường hợp cần thiết, lấy ý kiến cơ quan, tổ chức có liên quan và đối tượng chịu sự tác động của quy định về thủ tục hành chính thông qua tham vấn, hội nghị, hội thảo hoặc biểu mẫu lấy ý kiến do Bộ Tư pháp ban hành và đăng tải trên Cơ sở dữ liệu quốc gia về thủ tục hành chính để tổng hợp ý kiến gửi cơ quan chủ trì soạn thảo;
Tham gia tập huấn nghiệp vụ do Cục Kiểm soát thủ tục hành chính tổ chức;
Phối hợp với các chuyên viên của Vụ trong công tác: góp ý, thẩm định quy định thủ tục hành chính trong dự thảo văn bản quy phạm pháp luật; tập huấn, kiểm tra thực hiện công tác pháp chế theo phân công của Vụ trưởng;
Trong quá trình kiểm tra, tổng hợp tình hình và kết quả thực hiện, nếu phát hiện cơ quan, đơn vị, cán bộ công chức không thực hiện, thực hiện không đúng yêu cầu hoặc vi phạm quy định về kiểm soát thủ tục hành chính, áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng theo ISO, kịp thời kiến nghị người có thẩm quyền áp dụng các hình thức, biện pháp xử lý theo quy định của pháp luật;
Thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác do Bộ trưởng, Vụ trưởng Vụ Pháp chế giao.