Tuy nhiên, không phải các học giả nước ta thời xưa không có những kiến giải hợp lý về những hiện tượng khó hiểu.
Như vào đời Lý Thái Tông, năm Thông Thụy thứ 2 (1035), nhà vua cho phát 6.000 cân đồng để đúc chuông ở chùa Trùng Quang (huyện Tiên Du, Bắc Ninh ngày nay). “Đại Việt sử ký” viết rằng: “Chuông đúc xong, sai người kéo đưa đến chùa. Chuông ấy không đợi sức người, tự di chuyển được, chỉ khoảnh khắc đã đến chùa”.
Tuy nhiên, khi biên soạn “Đại Việt sử ký toàn thư”, sử thần Ngô Sĩ Liên lấy làm ngờ vực về chuyện “chuông tự di chuyển” này, ông bình luận rằng: Phàm vật hình vuông thì đứng, hình tròn thì đi, chuông có thể đi được là vì hình tròn. Có lẽ là kéo nó đi, không nhọc đến sức người, như có thần giúp vậy. Nay ta hãy xem như cây gỗ lớn mười mấy người khiêng không nổi, một người đẩy ngang thì nó lăn tròn mà đi. Chuông cũng thế, sư chùa muốn làm cho đạo mình có vẻ thần diệu, mới nói phao lên như thế để đánh lừa mà thôi”. Ông cũng phê phán các nhà chép sử thời trước rằng: “Người cầm bút chép sử đương thời không xét lý lẽ, cứ theo thế mà chép vào sử sách”.
Hoặc sự kiện vào thời Lê trung hưng, năm 1618, tháng 8, sử cũ chép “Trời mưa ra vàng, hình như gạo vàng; trời mưa ra gạo, hình như gạo đen”, nhưng khi biên chép vào bộ sử nhà Nguyễn là “Khâm định Việt sử thông giám cương mục”, các sử quan cẩn thận tra cứu các nguồn tài liệu khác và viết rằng: “Trời mưa cát vàng, lại mưa than đen”, điều này tương đối hợp lý khi chúng ta biết rằng, hiện tượng vòi rồng có thể hút các loại vật chất lên và trút thành trận mưa xuống một địa điểm khác.
Tuy nhiên cũng có những sự việc mà sử quan thời xưa chưa thể lý giải được, như khi chép về chuyện thời Cao Biền được nhà Đường cử làm quan cai trị nước ta, đã tổ chức việc đào kênh để khơi đường vận chuyển sang các châu Ung, Quảng bên Trung Quốc.
“Toàn thư” viết: Năm Đinh Hợi, (867), Cao Biền sai bọn Nhiếp trưởng sử Lâm Phúng, Hồ Nam tướng quân Dư Tồn Cổ đem quân bản bộ và thủy thủ hơn nghìn người đến đục đá khai đường. Tháng 4, ngày mồng 5, khởi công khơi đào, trong khoảng hơn 1 tháng, gần được thông suốt, duy ở quãng giữa có hai chỗ đá lớn quanh co chắn ngang đến mấy trượng, đục xuống thì quằn đục, dùng búa thì gãy cán, người làm việc cả ngày nhìn nhau, công việc cơ hồ bỏ dở.
Ngày 26 tháng 5, đương ban ngày bỗng nhiên mây dồn, gió nổi dữ dội, trông vào rừng tối như đêm, ngửa bàn tay không nhìn thấy, chốc lát hàng trăm tiếng sét nổ vang trời ở chỗ đá lớn, chỉ trong khoảnh khắc trở lại bừng sáng. Người làm việc chạy tới xem thì thấy các khối đá đã bị tan nát cả.
Về phía Tây lại gặp hai chỗ đá lớn dựng đứng, người làm cũng phải chịu bó tay. Ngày 21/6 lại có sét đánh như trước, chỉ trong một lúc đá lớn đều bị tan vụn cả. Kênh bèn đào xong, vì thế gọi là kênh Thiên Uy. Ngày nay, việc phá đá mở đường có thể dùng thuốc nổ, còn thời Cao Biền, chưa rõ ông dùng biện pháp gì, chỉ biết rằng kết quả là khơi được dòng kênh, việc này cần phải các nhà chuyên môn nghiên cứu sâu hơn.
Nhà sử học Ngô Sĩ Liên là người không tin vào chuyện phong thủy. Khi viết về sự kiện năm 1248, vua Trần Thái Tông nghe theo lời Thái sư Trần Thủ Độ sai các nhà phong thủy đi xem khắp núi sông cả nước, chỗ nào có vượng khí đế vương thì dùng phép thuật để trấn yểm, ông đã bình luận rằng: “Từ khi có trời đất này, thì đã có núi sông này, mà khí trời chuyển vận, thánh nhân ra đời, đều có số cả. Khí trời từ Bắc chuyển xuống Nam, hết Nam rồi lại quay về Bắc. Thánh nhân trăm năm mới sinh, đủ số lại trở lại từ đầu. Thời vận có lúc chậm lúc chóng, có khi thưa khi mau mà không đều, đại lược là thế, có can gì đến núi sông?
Nếu bảo núi sông có thể lấy pháp thuật mà trấn áp, thì khí trời chuyển vận, thánh nhân ra đời có pháp thuật gì trấn áp được không? Ví như Tần Thủy Hoàng biết là phương Đông Nam có vượng khí thiên tử, đã mấy lần xuống phương ấy để trấn áp, mà rút cuộc Hán Cao vẫn nổi dậy, có trấn áp được đâu!”.
Ngoài ra, có nhiều hiện tượng bất thường mà nếu ở thời hiện đại, có thể nghiên cứu để tìm ra nguyên nhân, nhưng ở thời xưa, coi là thần bí, nên ghi chép vào chính sử, như chuyện năm 1043, vua Lý Thái Tông ngự đến chùa cổ Tùng Sơn (Bắc Ninh ngày nay), thấy trong chùa có cái cột đá lệch nghiêng sắp đổ. Vua thở than, ý muốn sai sửa chữa, nhưng kịp nói thì cột đá bỗng tự đứng thẳng lại, vua lấy làm lạ, sai Nho thần làm phú để nêu rõ việc linh dị.
Hay chuyện đời vua Lý Thần Tông, ngay vào năm vua mới lên ngôi, tức năm Thiên Thuận thứ nhất (1128), “Toàn thư” chép rằng: “Lá phướn của hai chùa Thiên Long và Thiên Sùng không gió mà tự lay động như múa. Vua ngự xa giá đến hai chùa ấy để lễ tạ”. Chuyện này chép ngay sau sự kiện “các quan dâng biểu mừng vua lên ngôi”, có lẽ sử quan cũng coi như đây là một điềm lành mừng vua đăng cơ chăng?
Đời vua Lê Thần Tông, năm 1631, sử cũng viết rằng vào tháng Giêng, tượng thần Lý Ông Trọng ở đền Thuỵ Hương (tức đền Chèm, ở quận Bắc Từ Liêm, Hà Nội) đổ mồ hôi. Tháng Giêng ở miền Bắc thường trời nồm, ẩm, và chuyện tượng đổ mồ hôi cũng không phải hiếm ở nước ta.
Sử thần Ngô Sĩ Liên cũng không tin vào chuyện cầu đảo để tăng tuổi thọ. Khi chép chuyện Trần Nhật Duật năm 48 tuổi, bị ốm hơn 1 tháng, các con ông làm chay, xin giảm tuổi thọ của mình để kéo dài tuổi thọ cho cha, được Thượng đế cho sống thêm hai kỷ (24 năm) nữa, ông bình luận rằng có thể tin vào chuyện con cái lòng thành hiếu thảo, có thể được linh nghiệm, “còn có người bảo rằng đạo sĩ có thể nắm tính mạng bay lên được, nhưng tôi không tin”, ông viết.
