Nội dung và lý do sai quy định cụ thể như sau: Học phí thu được không nộp kịp thời vào Kho bạc Nhà nước là trái với quy định về kiểm soát thu, chi qua Kho bạc Nhà nước; vi phạm quy định về định mức tồn quỹ, có thể dẫn tới mất mát hoặc sử dụng sai mục đích.
Phòng GD&ĐT quản lý và thu, chi trực tiếp nguồn thu học phí là trái với quy định đối với các đơn vị sự nghiệp công lập được phép tự chủ về bộ máy, biên chế và tài chính.
Quy định cụ thể như sau: Chính phủ và các cấp có thẩm quyền cho phép các đơn vị sự nghiệp công lập được tự chủ về tài chính, nhằm mục đích khuyến khích nâng cao chất lượng dạy và học, cải thiện đời sống cho người lao động.
Học phí thu được bổ sung 100% vào nguồn kinh phí chi thường xuyên cho các trường để quản lý và sử dụng theo chế độ quy định (40% để chi cho cải cách tiền lương, 60% để phục vụ cho việc dạy và học).
Kinh phí tiết kiệm được trong năm, các đơn vị tự chủ được quyền chi thu nhập tăng thêm cho người lao động, trích lập vào các quỹ (quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp, quỹ khen thưởng, quỹ phúc lợi, quỹ ổn định thu nhập).
Thu học phí không lập phiếu thu; không viết biên lai thu cho người nộp, chỉ ghi vào sổ cá nhân của hiệu trưởng, chứng từ thu còn tẩy xóa là trái với quy định về quản lý tài chính.
Đến tháng 12/2015, phòng GD&ĐT vẫn quản lý nguồn thu học phí của các trường, chưa tổ chức chi phí cho các trường, gây khó khăn cho các trường trong việc phục vụ nâng cao chất lượng dạy và học, không kịp thời để thanh toán chi cải cách tiền lương, dẫn tới sử dụng nguồn thu học phí không hiệu quả.
Từ những nội dung còn tồn tại, sai quy định về công tác quản lý và sử dụng nguồn thu học phí nêu trên, Sở GD&ĐT đã yêu cầu các phòng GD&ĐT huyện, thành phố; các đơn vị trực thuộc Sở tổ chức kiểm tra, xem xét lại và thực hiện theo hướng dẫn.
Với việc tổ chức quản lý và sử dụng nguồn thu học phí, đối với các trường chưa được tự chủ: Phòng GD&ĐT có trách nhiệm quản lý và thu, chi kịp thời cho các trường, trích đủ 40% trên tổng số học phí thu được để chi cải cách tiền lương, số còn lại chi tăng cường cơ sở vật chất, trang thiết bị, chi quản lý hành chính, chi phục vụ chuyên môn, chi khác.
Trên cơ sở học phí của trường nào chi cho trường đó, theo đề xuất của từng trường có sự thẩm định xem xét của phòng giáo dục và đào tạo, không dùng học phí để chi cho nhiệm vụ khác, mục đích khác.
Đối với các trường được tự chủ về bộ máy, biên chế và tài chính: Học phí thu được bổ sung 100% vào nguồn kinh phí chi thường xuyên cho đơn vị để quản lý và sử dụng theo chế độ quy định (trích đủ 40% trên tổng số học phí thu được để chi cho cải cách tiền lương, 60% để phục vụ cho việc dạy và học).
Kinh phí tiết kiệm được trong năm, đơn vị được chi thu nhập tăng thêm cho người lao động, trích lập vào các quỹ (quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp, quỹ khen thưởng, quỹ phúc lợi, quỹ ổn định thu nhập).
Các trường mở đầy đủ sổ sách kế toán, chứng từ đầy đủ, hạch toán kế toán, quyết toán và báo cáo tài chính, lưu trữ hồ sơ đúng quy định.