Tuy nhiên, đây lại là bậc học có lẽ còn tồn tại nhiều khó khăn nhất. Nguyên nhân do cả chủ quan lẫn khách quan, nhưng có một thực tế dường như ai cũng thấy: Cho dù trường, lớp MN đã được các địa phương đầu tư nhưng chưa đáp ứng được nhu cầu gửi trẻ của người dân. Vẫn còn tình trạng thiếu trường MN ở khu đô thị, khu đông dân cư, khu công nghiệp, chế xuất. Ở các địa phương đông dân cư, kinh tế - xã hội phát triển, áp lực đi học của trẻ cao, bình quân học sinh/nhóm lớp vượt so với quy định của Điều lệ trường MN.
Huy động trẻ từ 3 đến 5 tuổi ra lớp mẫu giáo là mong muốn của toàn ngành. Tuy nhiên, vì nhiều lí do, không ít trường MN hầu như chỉ đón nhận trẻ mẫu giáo 5 tuổi. Các độ tuổi khác - nếu gia đình muốn gửi - đều phải đưa vào nhóm, lớp độc lập tư thục, trong bối cảnh không bảo đảm chất lượng nuôi dưỡng, chăm sóc, tiềm ẩn nhiều nguy cơ. Thêm nữa, các cơ sở GDMN cũng đang đối mặt với tình trạng thiếu GV. Điều này dẫn đến việc có tỉnh đã phải giảm số trẻ/lớp để bảo đảm an toàn, nâng cao chất lượng nuôi dưỡng, chăm sóc và GD. Đặc biệt thời gian qua, do tình hình dịch bệnh kéo dài nên buộc nhiều cơ sở độc lập tư thục phải ngừng hoạt động; trường MN ngoài công lập không huy động được trẻ đến trường, ảnh hướng lớn đến sinh hoạt của các gia đình.
Ở một số địa phương, sau khi sắp xếp, sáp nhập địa giới hành chính, quy hoạch trường và điểm trường, do tình trạng dân cư phân tán, giao thông bị chia cắt, ảnh hưởng đến việc đi học của trẻ; gây nhiều khó khăn trong công tác quản lý, chăm sóc, nuôi dưỡng và giáo dục trẻ. Nhiều khu vực khác, đặc biệt là các thị trấn, thị xã, thành phố, khu đông dân cư do thiếu trường, lớp nên số trẻ/lớp vượt cao so với quy định. Hệ lụy khó tránh khỏi là sự chênh lệch về điều kiện bảo đảm chất lượng và chất lượng GD giữa các vùng, miền khó thay đổi.
Nếu như nơi này nơi kia, một số trường công lập và ngoài công lập còn thừa phòng học do không bố trí được đội ngũ GV hoặc chưa thu hút được trẻ, thì lại có tình trạng phải dùng phòng học nhờ, phòng học tạm, mượn để tổ chức lớp. Còn chuyện xây dựng trường chuẩn quốc gia ở bậc học này cũng lắm vấn đề. Việc đầu tư, bố trí cơ sở vật chất của các nhà trường được tiếp cận theo các tiêu chí trường chuẩn quốc gia mà chưa ưu tiên, chú ý đến quyền lợi thiết thực của trẻ dẫn đến hiện tượng các phòng chức năng không hợp lý, không hiệu quả; các điều kiện đảm bảo chất lượng, đặc biệt các quy định về số trẻ/lớp theo Điều lệ trường MN, diện tích phòng học so với số trẻ nhiều nơi chưa đáp ứng yêu cầu.
Có nhiều mối lo khi ở bậc học này các em còn chưa biết tự bảo vệ mình, phụ huynh thì gần như phó mặc hoàn toàn cho nhà trường và cô giáo. Áp lực thêm áp lực, và đâu đó vấn nạn bạo hành trẻ MN cũng là một trong những mối lo khi một số GV ở các trường MN tư thục, năng lực nghề nghiệp còn hạn chế, dẫn đến xử lý tình huống trong chăm sóc, giáo dục trẻ không đúng cách gây mất an toàn cho trẻ. Đó còn là mối lo hiện hữu hàng ngày khi nhân viên nấu ăn, bảo vệ, phục vụ trong các cơ sở GDMN thiếu về số lượng và chưa có cơ chế để thực hiện chế độ, chính sách. Giảm bớt mối lo nào, cũng đồng nghĩa với chất lượng nuôi dạy trẻ được tốt hơn - người dân, xã hội mong chờ điều đó.
