Ở khối Tiểu học, có 5 đội tham gia gồm Bình Phước, Đồng Nai, Đà Nẵng, Quảng Ngãi và Tây Ninh. Khối THCS có các đội bóng đến từ các địa phương Bình Phước, Bình Định, Đà Nẵng và Quảng Ngãi. Tại vòng loại, các đội sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn một lượt để tính điểm xếp hạng.
Theo điều lệ, các đội bóng ở bậc Tiểu học sẽ thi đấu theo luật bóng đá 5 người, mỗi hiệp thi đấu 20 phút và ở bậc THCS thi đấu theo luật bóng đá 7 người, mỗi hiệp thi đấu 25 phút. Kết thúc vòng loại khu vực 3, 4 đội xếp hàng đầu ở mỗi bậc học sẽ được chọn vào thi đấu vòng chung kết dự kiến sẽ diễn ra vào tháng 7/2018 tại TP Vinh (Nghệ An).
Các trận đấu đều được tổ chức tại Làng thể thao Tuyên Sơn (Q. Hải Châu, TP Đà Nẵng). Giải bóng đá Hội khỏe Phù Đổng – Cúp Milo 2018 khu vực 3 diễn ra từ ngày 24/5 – 28/5.
