Sách “Khoa mục chí” trong bộ “Lịch triều hiến chương loại chí” của Phan Huy Chú có viết: Năm Xương Phù thứ 8 (đời Trần Phế Đế, tức 1384), Thượng hoàng ở chùa Vạn Phúc, núi Tiên Du, thi Thái học sinh ở đây.
Như vậy, đã có thời, nhà chùa là nơi Thượng hoàng nhà Trần sử dụng làm trường thi để tổ chức kì thi Thái học (như thi Hội), để chọn tiến sĩ.
Chúng ta đều biết, các vua Trần đều chuộng đạo Phật, nhiều vị vua đầu triều sau một thời gian ở ngôi, đã xuất gia vào chùa tu hành. Phật Hoàng Trần Nhân Tông còn là tổ sáng lập ra Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử. Tuy nhiên, dù đã xuất gia, các vị Thượng hoàng vẫn quan tâm đến việc triều chính, thậm chí chỉ đạo sát sao việc trị quốc của nhà vua, do đó nhà chùa nơi các vị Thượng hoàng tu hành cũng có một vị trí quan trọng trong sinh hoạt triều đình.
Thậm chí, thời vua đầu triều Trần là Trần Thái Tông, có lần chùa Yên Tử suýt trở thành triều đình dưới lệnh Thái sư Trần Thủ Độ. Đó là sự kiện vào năm Thiên Ứng Chính Bình thứ 6 (1237), khi Trần Thái Tông và vợ là Hoàng hậu Chiêu Thánh mãi không có con, Trần Thủ Độ và vợ (công chúa Thiên Cực, mẹ Hoàng hậu Chiêu Thánh) đã ép vua lấy vợ của anh trai là công chúa Thuận Thiên đang có mang 3 tháng để mạo nhận làm con mình. Vì chuyện này mà anh vua là Trần Liễu họp quân nổi loạn.
“Đại Việt sử ký toàn thư” viết: “Vua trong lòng áy náy, ban đêm, ra khỏi kinh thành đến chỗ quốc sư Phù Vân (quốc sư là bạn cũ của Trần Thái Tông) trên núi Yên Tử rồi ở lại đó. Hôm sau, Thủ Độ dẫn các quan đến mời vua trở về kinh sư. Vua nói: “Vì trẫm non trẻ, chưa cáng đáng nổi sứ mạng nặng nề, phụ hoàng lại vội lìa bỏ, sớm mất chỗ trông cậy, nên không dám giữ ngôi vua mà làm nhục xã tắc”. Thủ Độ cố nài xin nhiều lần vẫn chưa được vua nghe, mới bảo mọi người rằng: “Xa giá ở đâu tức là triều đình ở đó”.
Thế rồi Thủ Độ cắm nêu trong núi, chỗ này là điện Thiên An, chỗ kia là các Đoan Minh, sai người xây dựng. Quốc sư nghe thấy thế bèn, tâu rằng: “Bệ hạ nên gấp quay xa giá trở về, chớ để làm hại núi rừng của đệ tử”. Vua bèn trở về kinh đô. Sau đó, Trần Liễu tự lượng thế cô, khó lòng đối lập được, mới đi thuyền độc mộc giả làm người đánh cá, đến chỗ vua xin hàng”.
Hoặc thời Trần Anh Tông, năm Hưng Long thứ nhất 11 (1303), trước khi thực hiện sứ mệnh quan trọng là đi sứ Chiêm Thành, Đoàn Nhữ Hài đã về xin ý chỉ của Thượng hoàng Trần Nhân Tông ở chùa Sùng Nghiêm núi Chí Linh (Hải Dương). Khi gặp Đoàn Nhữ Hài, Thượng hoàng đã trò chuyện cùng ông suốt một giờ (bằng 2 giờ ngày nay). Thấy được tài trí của Đoàn Nhữ Hài, khi trở về, Thượng hoàng đã bảo tả hữu rằng: “Nhữ Hài đúng là người giỏi, hắn được Quan gia (tức vua Trần Anh Tông) sai khiến là phải”.
Chùa Sùng Nghiêm cũng được coi là nơi quan trọng không khác phủ Thiên Trường, một kinh đô thứ hai của nhà Trần, nên khi Thượng hoàng về tu ở chùa này, nhà vua cũng phải về chầu. Như trong sự kiện thời Trần Anh Tông khuyết chức Tể tướng, nhà vua đến chùa yết kiến Thượng hoàng Trần Nhân Tông để đợi ý chỉ. Thượng hoàng gợi ý nhà vua dùng Nguyễn Quốc Phụ vào chức này, nhưng vì vua Trần Anh Tông băn khoăn chuyện ông này nghiện rượu nên cuối cùng Thượng hoàng cũng không dùng ông ta.
Còn chuyện thi Thái học sinh ở chùa Vạn Phúc nói trên lại liên quan đến chuyện Thượng hoàng Trần Nghệ Tông sợ giặc. Chuyện là năm 1383, vào tháng Giêng, Trần Nghệ Tông sai Hồ Quý Ly thống lĩnh thủy quân đi đánh Chiêm Thành. Đến tháng 6, vua Chiêm Thành là Chế Bồng Nga cùng với thủ tướng La Ngai dẫn quân đi bộ theo chân núi, từ trấn Quảng Oai dò đường đến đóng ở sách Khổng Mục, khiến kinh sư kinh động. Thượng hoàng sai tướng chỉ huy quân Hoa Ngạch là Lê Mật Ôn đem quân đi chống giữ, nhưng khi ra đến phủ Quảng Oai thì bị giặc mai phục đánh tan quan quân, Mật Ôn bị giặc bắt sống.
Thượng hoàng Trần Nghệ Tông nghe tin, hốt hoảng chạy sang sông Đông Ngàn (phía Bắc sông Đuống, thuộc địa phận Bắc Ninh ngày nay) để lánh giặc. Khi ấy có người học trò là Nguyễn Mộng Hoa để cả áo mũ lội xuống nước kéo thuyền ngự lại, xin Thượng hoàng ở lại đánh giặc, nhưng Thượng hoàng không nghe.
Đến tháng 12 năm đó, quân Chiêm Thành rút về nước, nhưng Thượng hoàng vẫn ở lại cung Bảo Hòa trên núi Phật Tích, không về Thăng Long nữa, và sai Thiêm tri nội mật viện sự Nguyễn Mậu Tiên, Lễ bộ lang trung Phan Nghĩa và gia thần Vũ Hiếu hầu ở Tiên Du thay phiên nhau chầu chực.
Và sang đến năm 1384, vào tháng 2, Thượng hoàng mới cho thi Thái học sinh ở chùa Vạn Phúc núi Tiên Du, tức chùa Phật Tích ở xã Phật Tích, huyện Tiên Du, tỉnh Bắc Ninh. “Toàn thư” viết: “Khóa đó lấy đỗ bọn Đoàn Xuân Lôi, Hoàng Hối Khanh... 30 người”. Sang đến tháng 5, Thượng hoàng tiếp tục “chọn số Thái học sinh còn lại cho làm thư sử ở cung Bảo Hòa”, để hình thành nên một triều đình tại khu vực chùa Phật Tích. Thượng hoàng Trần Nghệ Tông ở cung Bảo Hòa mãi đến tháng 2 năm 1387 mới về kinh đô.
