Mục tiêu của Kế hoạch nhằm xác định và triển khai hiệu quả các hoạt động ưu tiên cho giai đoạn 2016 - 2020 và đẩy mạnh việc áp dụng quản lý tổng hợp vùng bờ tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có biển, nhằm thực hiện thành công Chiến lược quản lý tổng hợp đới bờ Việt Nam đến năm 2020, tầm nhìn đến năm 2030.
Nội dung của Kế hoạch gồm: Xây dựng và ban hành chính sách, pháp luật về quản lý tổng hợp vùng bờ; khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên và bảo tồn đa dạng sinh học vùng bờ; phòng ngừa, kiểm soát ô nhiễm, giảm thiểu tổn thất do thiên tai và ứng phó biến đổi khí hậu, nước biển dâng; đào tạo, tăng cường năng lực và nâng cao nhận thức về quản lý tổng hợp vùng bờ; xây dựng và triển khai quản lý tổng hợp vùng bờ tại các địa phương ven biển.
Trong đó, sẽ triển khai các hoạt động hoàn thiện hệ thống thông tin tổng hợp phục vụ quản lý tổng hợp vùng bờ; phân vùng chức năng vùng bờ; xây dựng hướng dẫn giám sát ô nhiễm môi trường dựa vào cộng đồng và áp dụng thí điểm tại các địa phương ven biển.
Ngoài ra, với mục tiêu xác định được thực trạng các nguồn thải từ đất liền và trên biển, để đưa ra các giải pháp kiểm soát, bảo vệ môi trường vùng bờ, các cơ quan liên quan sẽ điều tra, đánh giá thực trạng các nguồn thải từ đất liền và trên biển ảnh hưởng chất lượng môi trường vùng bờ; đánh giá thải lượng của các nguồn thải và các tác động của chúng đến tài nguyên, môi trường vùng bờ; xây dựng cơ sở dữ liệu về các nguồn thải có nguồn gốc từ đất liền và biển, tác động đến môi trường vùng bờ; đề xuất các giải pháp kiểm soát và quản lý các nguồn thải từ đất liền và trên biển...