Đó là: Hội đồng trường (đối với trường công) mang tính hình thức và cơ chế bộ chủ quản làm triệt tiêu tính năng động, sáng tạo và hạn chế quyền tự chủ của cơ sở giáo dục.
Hội đồng trường chưa phát huy đúng vai trò
Để thực hiện tự chủ ĐH, Hội đồng trường là một công cụ quan trọng, nhằm đảm bảo sự phát triển lành mạnh và bền vững của một tổ chức dân chủ. Theo đó, quyết định chiến lược của một trường ĐH được đưa ra bởi Hội đồng trường - những người đại diện cho chủ sở hữu. Đây là xu hướng tất yếu trong quá trình nâng cao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm, qua đó nâng cao chất lượng giáo dục ĐH đáp ứng nhu cầu xã hội.
Tháng 10/2017, Bộ GD&ĐT đã tổ chức Hội nghị tổng kết thí điểm đổi mới hoạt động đối với cơ sở giáo dục ĐH công lập theo Nghị quyết số 77/NQ-CP. Báo cáo của nhóm nghiên cứu Trường ĐH Kinh tế Quốc dân tại hội nghị, cho đến thời điểm báo cáo mới có 59 trong tổng số 163 cơ sở giáo dục ĐH công lập đã thành lập được Hội đồng trường. Còn 4/12 trường được trao tự chủ trên 2 năm nhưng chưa thành lập được Hội đồng trường.
Nguyên nhân được đưa ra là: Khung pháp lý về thành lập và hoạt động của Hội đồng trường đã có nhưng chưa thực sự đầy đủ và rõ ràng để tiến hành các hoạt động, đặc biệt trong bối cảnh đổi mới hoạt động của trường theo hướng tự chủ; thiếu một chế tài đủ mạnh với trường ĐH tự chủ nhưng không thành lập Hội đồng trường; mô hình hội đồng trường hoạt động hiệu quả ở Việt Nam còn khá ít, các trường không có điều kiện để kế thừa, học hỏi lẫn nhau.
Nhân sự Chủ tịch Hội đồng trường và các thành viên Hội đồng trường cũng là một trở ngại khi nhiều trường không thể dễ dàng tìm được nhân sự làm Chủ tịch Hội đồng trường thích hợp. Bên cạnh đó, so với các thực thể có quyền quyết định đến chiến lược, chủ trương lớn khác, bao gồm cơ quan chủ quản và Đảng ủy, Hội đồng trường sinh sau nhưng lại có thẩm quyền tương tự như những bộ chủ quản và Đảng ủy.
Vì vậy, ở mức độ nhất định, Hội đồng không phải lúc nào cũng được chào đón khi chưa có cơ chế phân định rõ ràng thẩm quyền của những cơ quan này. Ban giám hiệu và hiệu trưởng cũng không thực sự chào đón Hội đồng trường vì dường như có thêm một cơ quan để báo cáo, xin chủ trương trong khi không có một quy trình cụ thể nào cắt giảm việc xin chủ trương của Đảng ủy hay bộ chủ quản tương ứng...
Nói về điều này, TS Trịnh Ngọc Thạch cho rằng, ngay cả cho đến nay, tình hình nêu trên vẫn không mấy sáng sủa; đồng thời dẫn ý kiến nhận xét của một số chuyên gia giáo dục: “Hiện nay, một số ĐH công lập ở Việt Nam đã có Hội đồng trường, nhưng số lượng ít và những Hội đồng trường đang tồn tại chủ yếu chỉ có chức năng tham vấn”.
Tính “hình thức” ,“tính tham vấn” của Hội đồng trường thể hiện ở ngay trong việc cơ cấu nhân sự lãnh đạo của Hội đồng trường. Ở các ĐH, giám đốc ĐH có thể được kiêm Chủ tịch Hội đồng ĐH (thậm chí phần lớn các giám đốc ĐH kiêm cả Bí thư Đảng ủy). Ở các trường ĐH, hầu hết hiệu trưởng kiêm Chủ tịch Hội đồng quản trị và cũng kiêm luôn cả Bí thư Đảng ủy. Điều đáng lưu ý là trong các văn bản pháp luật hiện hành việc quy định về nhân sự Chủ tịch Hội đồng trường thiếu rõ ràng: Không có quy định về Chủ tịch Hội đồng ĐH, chỉ quy định về tiêu chuẩn Chủ tịch Hội đồng trường và thẩm quyền bổ nhiệm Chủ tịch Hội đồng trường.
"Trên thực tế, ở nước ta, vai trò của hiệu trưởng các trường ĐH công lập từ lâu đã mặc nhiên được thừa nhận là người quản lý cao nhất và quan trọng nhất trong hệ thống chức danh quản lý nhà trường và từ đó trong các trường ĐH công cũng tồn tại một "thiết chế ngầm định" đó là "chế độ thủ trưởng".
Nếu như hiệu trưởng kiêm Bí thư Đảng ủy và Chủ tịch Hội đồng trường thì vai trò quyết định của hiệu trưởng gần như tuyệt đối. Do đó, hiệu trưởng được "sắm" nhiều vai cùng một lúc: "Người lãnh đạo", "người quản lý", "người sở hữu” và “người sử dụng”. Thực tế này cho thấy, một “lỗ hổng” lớn trong công tác quản lý ở các trường ĐH công lập ở nước ta hiện nay" - TS Trịnh Ngọc Thạch cho hay.
Quyền tự chủ bị hạn chế bởi “cơ chế bộ chủ quản”
Theo TS Trịnh Ngọc Thạch, tư tưởng về “bộ chủ quản” thể hiện tính phân cấp, phân quyền trong quản lý các cơ sở giáo dục ĐH, nhưng khá nhiều hệ lụy do nó tạo ra, đó là: Tính cát cứ trong hoạt động; tính phụ thuộc, kém năng động, sáng tạo; tăng tầng nấc trong quản lý... dẫn đến mất dần quyền tự chủ của các trường ĐH.
Trong bối cảnh hiện nay, các cơ sở giáo dục ĐH, mặc dù là sở hữu Nhà nước hay tư nhân, thì đều phải tổ chức và hoạt động theo pháp luật (Luật Giáo dục, Luật Giáo dục ĐH, Luật Giáo dục nghề nghiệp... và rất nhiều văn bản quy phạm pháp luật khác).
Mặt khác, Nhà nước không thể tiếp tục "bao cấp" cho giáo dục ĐH ở mức cao như hiện nay, thì các cơ sở giáo dục ĐH phải được quyền tự chủ cao để xây dựng cơ chế, chính sách thu hút đầu tư các nguồn lực từ bên ngoài nhằm tăng cường mở rộng và phát triển các hoạt động dịch vụ, nâng cao chất lượng giáo dục và nghiên cứu. Do đó, cơ chế bộ chủ quản sẽ tiếp tục duy trì tư tưởng "bao cấp", cơ chế "xin - cho", làm triệt tiêu năng lực sáng tạo, tính năng động và hạn chế quyền tự chủ của trường ĐH. "Nhiều nước trên thế giới đã bỏ mô hình quản lý này từ lâu" - TS Trịnh Ngọc Thạch nhấn mạnh.