Công trình này được bắt đầu xây dựng từ thế kỷ XVII thời Lê Trung Hưng và được trùng tu, tôn tạo lớn vào năm Minh Mạng thứ 20 (Kỷ Hợi - 1839) trên nền của chùa làng Xích Đằng, xã Nhân Dục, tổng An Tảo, huyện Kim Động xưa, nay là phường Lam Sơn, thành phố Hưng Yên, tỉnh Hưng Yên.
Hiện vật còn lại của Văn miếu Xích Đằng là 9 tấm bia đá, trong đó 8 tấm được lập năm Đồng Khánh thứ 3 (1888), một tấm được lập năm Bảo Đại thứ 18 (1943) ghi danh các nhà khoa bảng Hưng Yên.
Có 138 vị đỗ đại khoa được ghi khắc vào bia từ thời Trần đến năm 1919 - khoa thi cuối cùng khoa cử nho học, trong đó có 21 vị nay thuộc địa phận tỉnh Thái Bình (phủ Tiên Hưng trước kia thuộc Hưng Yên, nay thuộc Thái Bình). Văn miếu Xích Đằng thể hiện tinh thần hiếu học của con người trên mảnh đất “thứ nhất Kinh Kỳ, thứ nhì Phố Hiến”.
Những năm cuối thời Hậu Lê, triều chính rối ren, các quyền thần họ Trịnh, họ Nguyễn đều chứa chấp mưu đồ riêng, nông dân nổi dậy khởi nghĩa. Mạc Đăng Dung sau khi dẹp được các bè phái trong cung đình đã ép vua Lê Cung Hoàng nhường ngôi vào tháng 6/1527. Việc nhà Mạc thay thế một nhà Hậu Lê không còn đủ năng lực và bị thiên hạ chán ghét trở thành tất yếu của lịch sử thời phong kiến.
Triều Mạc kết thúc khi vua Mạc Mậu Hợp bị quân đội Lê - Trịnh do Trịnh Tùng chỉ huy đánh bại vào cuối năm 1592 – tổng cộng thời gian tồn tại chính thức của triều Mạc gần 66 năm. Thừa kế nền giáo dục từ thời Lê sơ, nhà Mạc vẫn dùng Nho giáo làm tư tưởng chính thống trong việc thể chế hóa các chính sách cai trị và xây dựng bộ máy triều đình.
Quốc Tử Giám và nhà Thái học vẫn là trung tâm giáo dục lớn nhất cả nước. Nhà Mạc rất chú trọng phát triển nhân tài trong nước và tổ chức đều đặn các kỳ thi 3 năm một lần, từ khi mới thành lập đến năm tồn tại cuối cùng.
Năm 1592, dù quân Nam triều tiến ra đánh chiếm, chiến sự đã áp sát kinh thành Thăng Long, Mạc Mậu Hợp vẫn tổ chức thi cử đúng định kỳ ở bên kia sông Hồng. Việc chọn sĩ tử tới ra đề, quan coi thi, tổ chức thi, lệ ban thưởng bia đá... đều theo nếp cũ của nhà Lê sơ với 3 kỳ thi chính và quan trọng nhất là thi Hương, thi Hội và thi Đình.
Từ năm 1529 thời Mạc Thái Tổ đến năm 1592 thời Mạc Mậu Hợp, nhà Mạc đã tổ chức 22 khoa thi, lấy đỗ 485 tiến sĩ, trong đó có 11 Trạng nguyên. Giáo dục và khoa cử thời Mạc đã tạo ra một đội ngũ quan lại cho bộ máy triều đình, trong đó có không ít người danh vọng rất cao như Nguyễn Bỉnh Khiêm, Giáp Hải, Hà Nhậm Đại, Hoàng Sĩ Khải…
Trong lịch sử khoa cử, Hưng Yên có 12 Trạng nguyên. Bảng nhãn, Thám hoa có 9 người (3 Trạng nguyên, 2 Bảng nhãn, 4 Thám hoa) và đặc biệt hơn cả, 3 Trạng nguyên người Hưng Yên đều được vinh danh trong các khoa thi do vương triều Mạc tổ chức là Đỗ Tông, Nguyễn Kỳ và Dương Phúc Tư.
Khoa thi đầu tiên do nhà Mạc tổ chức năm Kỷ Sửu 1529, niên hiệu Minh Đức 3 (1529) đời Mạc Đăng Dung, lấy 27 Tiến sĩ. Khoa thi này được tổ chức vào đầu năm, sau khi chọn được hạng xuất sắc gồm 27 người trong tổng số 4.000 người ứng thí, đến ngày 18 tháng 2 thi Đình, ngày 24 gọi loa xướng tên người đỗ: Trạng nguyên Đỗ Tông; Bảng nhãn Nguyễn Hãng; Thám hoa Nguyễn Văn Huy.
Nhà Mạc cũng cho dựng bia Tiến sĩ khắc tên các vị đỗ đạt vào tiết Đông chí ngay trong năm khoa thi tổ chức. Mặc dù, nhà Mạc không duy trì được lệ này nhưng điều đó cũng là một hành động cổ vũ học tập và khuyến học có tác dụng rất lớn đối với xã hội.
Nội dung tấm bia Tiến sĩ đầu tiên của nhà Mạc ngay sau khoa thi đầu tiên được tổ chức đã thể hiện rõ chính sách khuyến khích người học và đề cao khoa cử. Văn bia có đoạn viết:
“…Dùng văn giáo mà rèn luyện nhân tài, sửa trường học để mở rộng nền giáo dục, ban học quy để cổ vũ lòng hăng hái. Nhân văn được trau dồi, thi cử được đổi mới. Phàm những điều lệ về thi cử, ban ấn vinh theo cấp bậc, so với thời xưa đều rõ ràng và đầy đủ hơn nhiều”.
Đỗ Tông (1504 - ?), người xã Lại Ốc, huyện Tế Giang, nay là thôn Lại Ốc, xã Long Hưng, huyện Văn Giang. Năm 26 tuổi, Đỗ Tông đỗ đệ nhất giáp tiến sĩ cập đệ đệ nhất danh (Trạng nguyên). Ông là Trạng nguyên đầu tiên dưới triều nhà Mạc. Ông làm quan đến chức Đông các Đại học sĩ.
Sau khi mất, ông được truy tặng Hình bộ tả thị lang. Vì triều Mạc chỉ dựng duy nhất một tấm bia Tiến sĩ nên Đỗ Tông là vị Trạng nguyên duy nhất của vương triều Mạc có tên trên bia Tiến sĩ.
Nguyễn Kỳ (1518 - ?), người xã Bình Dân, huyện Đông Yên, phủ Khoái Châu, trấn Sơn Nam, nay thuộc xã Tân Dân, huyện Khoái Châu. Năm 24 tuổi, Nguyễn Kỳ đỗ đệ nhất giáp tiến sĩ cập đệ đệ nhất danh (Trạng nguyên) khoa Tân Sửu, niên hiệu Quảng Hòa 1 (1541) đời Mạc Phúc Hải. Ông làm quan đến chức Hàn lâm viện thị thư.
Nguyễn Kỳ là Trạng nguyên duy nhất vinh quy về chùa. Từ khi có lệ vinh quy, các tân khoa đều về nhà thờ lễ tạ tổ tiên sau đó là lễ tạ cha mẹ, thầy học.
Còn Nguyễn Kỳ, từ năm 3 tuổi đã được gửi vào chùa làm con nuôi sư thầy, được sư trụ trì dạy chữ, học kinh sách nên khi vinh quy ông yêu cầu dân làng đón mình tại chùa làng để ông tạ ơn Phật, sư trụ trì đã có ơn giáo dưỡng thành tài, sau đó ông mới về lễ tạ tổ tiên, cha mẹ. Biết chuyện đó, triều đình và dân chúng đều khen ngợi Nguyễn Kỳ là người tận trung, tận hiếu.
Dương Phúc Tư (1505 -1563), người xã Lạc Đạo, huyện Văn Lâm. Năm 43 tuổi, Dương Phúc Tư đỗ Đệ nhất giáp tiến sĩ cập đệ đệ nhất danh (Trạng nguyên) khoa Đinh Mùi, niên hiệu Vĩnh Định 1 (1547) đời Mạc Phúc Nguyên.
Trước làm quan nhà Mạc đến chức Tham Chính, sau quy thuận nhà Lê, được giữ chức cũ. Sau cáo quan về nhà dạy học, học trò nhiều người thành đạt. Trong số học trò thành đạt có Trạng nguyên Phạm Trấn khoa thi Bính Thìn, niên hiệu Quang Bảo 2 (1556) đời Mạc Phúc Nguyên.
Dương Phúc Tư là ông nội Dương Thuần (tiến sĩ khoa Mậu Thìn - 1628); Dương Hoàng (tiến sĩ khoa Đinh Sửu - 1637); cố nội Dương Hạo (tiến sĩ khoa Canh Thìn - 1640); viễn tổ Dương Công Thụ (tiến sĩ khoa Tân Hợi - 1731).
Con cháu ông sau di cư lập nghiệp nhiều nơi, đến đâu cũng làm ăn phát đạt, học hành đỗ đạt cao, nhiều người thành danh. Có thể kể đến hai cha con Dương Đôn, Dương Hiệu ở Dương Xá, Gia Lâm đều đỗ Tiến sĩ và làm quan thượng thư cùng triều. Lại có hai anh em Dương Sử và Dương Khiêm đỗ Tiến sĩ cùng khoa.
Xã Phú Thị, huyện Văn Giang có chi Dương Duy Thanh đỗ cử nhân từng làm đốc học Hà Nội và các cháu, chắt Dương Bá Trạc, Dương Quảng Hàm, Dương Tụ Quán, Dương Bích Liên… đều dòng họ Dương Phúc Tư.
Những bài thi Hội ở thời Mạc hầu hết bị thất lạc, tuy vậy vẫn còn lưu giữ một số văn bản, trong đó có bài đình đối của Trạng nguyên Dương Phúc Tư. Bài văn sách này được vua phê là: “Trả lời mọi câu hỏi đều thiết thực, thực là một cây bút lớn. Đúng là khi bậc chân nho ra đời thì đạo sẽ thanh thông từ trên xuống dưới”.
Trong lịch sử nhà Mạc đã làm được nhiều việc có ý nghĩa, trong đó nổi bật là tổ chức giáo dục khoa cử Nho học.
Điều đó hoàn toàn đúng như nhận xét của học giả Phan Huy Chú viết trong Lịch triều hiến chương loại chí là: “Nhà Mạc dẫu bận chiến tranh mà vẫn không bỏ thi cử, vì thế được nhiều người tài giỏi giúp việc chống với nhà Lê, kéo dài hơn 60 năm. Ấy cũng là công hiệu của khoa cử đó”.
Chính sự cố gắng ấy mà nhà Mạc đã đào tạo được một lớp trí thức phục vụ cho vương triều và cho cả thời kỳ sau đó. Có thể nói lịch sử khoa cử thời kỳ nhà Mạc trị vì phản ánh đậm nét truyền thống hiếu học của con người Hưng Yên xưa.