Công trình được thiết kế, xây dựng trên phương án kiến trúc với chủ đề “con dấu chủ quyền của đất nước Việt Nam”. Đây được xem là một thiết chế văn hóa có ý nghĩa quan trọng, xác lập chủ quyền của Việt Nam đối với Hoàng Sa.
Trong 3 tầng nổi của nhà trưng bày sẽ trưng bày tư liệu, hiện vật theo 5 chủ đề gồm: vị trí địa lý và điều kiện tự nhiên, Hoàng Sa trong thư tịch cổ Việt Nam trước thời Nguyễn, Hoàng Sa trong thư tịch cổ Việt Nam vào thời Nguyễn, Hoàng Sa trong thời Pháp thuộc, Hoàng Sa từ 1975 đến nay. Mỗi chủ đề gồm có nhiều mục, tất cả đều có giá trị khẳng định chủ quyền của Việt Nam đối với Hoàng Sa, Trường Sa.
Ông Võ Ngọc Đồng, Giám đốc Sở Nội vụ TP Đà Nẵng kiêm Chủ tịch huyện Hoàng Sa cho rằng công trình công trình nhà trưng bày Hoàng Sa là thiết chế văn hóa, lịch sử có ý nghĩa chính trị rất quan trọng, như một dấu mốc chủ quyền để khẳng định, minh chứng một cách sinh động, trực quan về quá trình khai phá, xác lập, bảo vệ chủ quyền của Việt Nam đối với quần đảo Hoàng Sa một cách thực sự, liên tục và hòa bình, phù hợp thực tiễn và luật pháp quốc tế.
Đây cũng là nơi giáo dục về biển đảo với hơn 200 tư liệu, hiện vật, hình ảnh, được tổ chức trưng bày thông suốt, xâu chuỗi, phản ánh cả quá trình lịch sử chủ quyền theo chiều lịch đại, từ những ngày đầu khi các Chúa Nguyễn khai phá, xác lập chủ quyền đến thời điểm hiện nay.
Nói về việc mô hình thiết kế, ông Đặng Công Ngữ - nguyên GĐ Sở Nội vụ, nguyên Chủ tịch UBND huyện Hoàng Sa cho biết, sở dĩ chủ đề “con dấu chủ quyền của đất nước Việt Nam” được chọn bởi nó mang đầy đủ ý nghĩa lịch sử, thể hiện sinh động một sự kết nối giữa quá khứ và hiện tại. Trong đó, có con dấu thời vua Minh Mạng hình vuông, cột mốc xuyên suốt từ dưới lên; phía trước là lá cờ tổ quốc dùng điện tử thắp sáng cả ngày đêm tự như một hải đăng trên biển.
Phát biểu tại Lễ khánh thành, ông Huỳnh Đức Thơ – Chủ tịch UBND TP Đà Nẵng cho biết: “Khánh thành Nhà Trưng bày Hoàng Sa sáng nay, thực ra chúng ta cũng chỉ mới đi một nửa đoạn đường. Nửa đoạn đường còn lại là làm sao để Nhà Trưng bày này hoạt động với hiệu quả cao nhất, phát huy tối đa công suất phục vụ, xem đây là một khâu quan trọng trong toàn bộ cuộc đấu tranh ngoại giao học thuật để đòi lại Hoàng Sa”.
Ngành giáo dục Đà Nẵng đã biên soạn và đưa vào giảng dạy trong chương trình lịch sử ở các trường trung học cơ sở và trung học phổ thông toàn bộ quá trình liên tục xác lập và thực thi chủ quyền của người Việt cũng như người Đà Nẵng đối với quần đảo Hoàng Sa, thì với sự ra đời của Nhà Trưng bày Hoàng Sa, các cô giáo, thầy giáo đang có thêm một phương tiện trực quan sinh động bổ trợ cho giáo trình về Hoàng Sa, bởi trăm nghe không bằng một thấy…