Các trường THCS nếu có đủ giáo viên Tin học và phòng máy vi tính thì tổ chức dạy học tự chọn môn Tin học; các trường còn lại dạy học tự chọn theo chủ đề bám sát của các môn học.
Các trường THPT chủ động, linh hoạt trong tổ chức dạy học chủ đề tự chọn bám sát các môn học tùy thuộc vào nhu cầu của học sinh và biên chế giáo viên của trường.
Hiệu trưởng phê duyệt kế hoạch dạy học tự chọn theo từng môn (số tiết, tên bài dạy), từng lớp trước khi thực hiện dạy học tự chọn.
Sở GD&DDT cũng yêu cầu tổ chức dạy học tích hợp theo hướng dẫn tại công văn số 747/SGDĐT-GDTrH ngày 17/8/2010 và công văn 1208/SGDĐT-GDTrH ngày 28/8/2013 của Sở GD&ĐT.
Nội dung tích hợp ở môn học và các hoạt động giáo dục gồm: tích hợp giáo dục đạo đức; học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh; giáo dục pháp luật; giáo dục phòng, chống tham nhũng; sử dụng năng lượng tiết kiệm và hiệu quả; bảo vệ môi trường, đa dạng sinh học và bảo tồn thiên nhiên; giáo dục về tài nguyên và môi trường biển, hải đảo; chú trọng tuyên truyền, giáo dục chủ quyền quốc gia về biên giới, biển, đảo; ứng phó với biến đổi khí hậu, phòng tránh và giảm nhẹ thiên tai; giáo dục an toàn giao thông, …
