Hệ năng khiếu được triển khai với 3 môn: Toán, Ngữ văn, Tiếng Anh. Các học sinh học hệ năng khiếu được học tập theo chương trình mở, học tập theo chuyên đề, dự án, hướng tới giải quyết các vấn đề khoa học và thực tiễn.
Ví dụ, với Ngữ văn sẽ có các chuyên đề kết nối văn học và sân khấu, điện ảnh; văn học và báo chí, truyền thông, văn học và lịch sử…. Toán học với chuyên đề toán học và công nghệ, ứng dụng toán học trong đời sống… Tiếng Anh với chuyên đề ngôn ngữ và thơ ca nước Anh; học tiếng Anh qua các vở kịch kinh điển, tranh biện với CEO… Các chuyên đề này sẽ đem lại nguồn cảm hứng học tập, đưa tới những thách thức khám phá mới với học sinh.
Không chỉ hướng tới việc trang bị tri thức chuyên sâu, đáp ứng yêu cầu cuộc thi học sinh giỏi các cấp, nhà trường còn mong muốn trang bị tri thức toàn diện, tri thức liên ngành, kỹ năng xã hội để làm việc, chung sống, thích nghi với sự vận động của xã hội hiện đại.
Hệ năng khiếu chính thức được nhà trường mở từ năm học 2023 - 2024.