Bên cạnh đó, cần thay đổi cách quản lý của ĐHQG và ĐH vùng giống như quản lý University system của nước ngoài; có cơ chế mở về ĐH quốc gia/vùng, các trường ĐH độc lập đóng cùng địa bàn với ĐH quốc gia/vùng có thể tham gia ĐH với tư cách trường thành viên; ngược lại các trường thành viên của ĐH cũng có thể tách ra thành trường ĐH độc lập.
Về vấn đề này, Bộ GD&ĐT cho biết: Các ĐH vùng được thành lập với sứ mệnh là các trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ, đa ngành, đa lĩnh vực để ưu tiên đào tạo nguồn nhân lực đáp ứng yêu cầu phát triển của vùng đó tương quan với các vùng khác nhằm đảm bảo sự công bằng xã hội trong tiếp cận giáo dục ĐH.
Trong quá trình phát triển các ĐH vùng đã dần hình thành các trường ĐH chuyên ngành đào tạo các ngành khoa học cơ bản và một số lĩnh vực khác, tối ưu hóa sử dụng các nguồn lực dùng chung (đội ngũ giảng viên, cơ sở vật chất trường lớp, phòng nghiên cứu…) bảo đảm được tính liên thông, liên kết tạo sức mạnh cộng hưởng giữa các đơn vị thành viên.
Hệ thống có các ĐH quốc gia và ĐH vùng đã được khẳng định tại Luật Giáo dục ĐH và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Giáo dục ĐH. Tại các kết luận của Thủ tướng Chính phủ về các ĐH vùng đã khẳng định chiến lược và xu thế phát triển các ĐH vùng trở thành những cơ sở đào tạo nòng cốt của hệ thống, hoạt động theo các tiêu chuẩn chất lượng quốc gia và khu vực, phát huy được các tiềm năng, lợi thế vùng để nâng cao chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học, đáp ứng yêu cầu về nhân lực của cuộc cách mạng công nghiệp 4.0.
Tuy nhiên thực tế hiện nay, giữa các ĐH vùng tồn tại những quy định khác nhau về tự chủ trên cơ sở quy chế chung về ĐH vùng do Bộ GD&ĐT ban hành. Ở ĐH này (ĐH Huế), việc phân cấp quản lý theo hướng tăng quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cho các đơn vị thành viên chưa được triệt để làm giảm tự chủ của các trường thành viên nhưng ở ĐH khác (ĐH Đà Nẵng), các trường ĐH thành viên được giao cơ chế tự chủ như các trường ngoài hệ thống ĐH vùng (bản thân trường ĐH thành viên lại có nhiều quyền hơn cả ĐH vùng như Trường ĐH Kinh tế - ĐH Đà Nẵng) dẫn đến sự không thống nhất trong quản trị điều hành.
Thực hiện Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Giáo dục ĐH, Bộ GD&ĐT đang triển khai rà soát quy chế tổ chức và hoạt động của các ĐH vùng tại Thông tư số 08/2014/TT-BGDĐT nhằm đẩy mạnh việc hoàn thiện mô hình quản trị hiện đại với cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao theo thông lệ quốc tế, phù hợp với điều kiện Việt Nam. Bộ GD&ĐT cũng chỉ đạo các ĐH vùng tái cấu trúc, thực hiện sắp xếp, rà soát đảm bảo hiệu quả hoạt động và phân cấp tự chủ đến các trường thành viên như tinh thần của Luật và chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.
Do tính chất lịch sử của các quyết định thành lập ĐH quốc gia và ĐH vùng cũng như vai trò của các cơ sở này trong quá trình phát triển giáo dục ĐH ở Việt Nam, thực tế hệ thống sẽ chỉ có những ĐH quốc gia và ĐH vùng đã thành lập. Việc thành lập các ĐH khác trên cơ sở sáp nhập hoặc phát triển các trường ĐH đã có quy định trong Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Giáo dục ĐH và sẽ được hướng dẫn chi tiết tại Nghị định với những tiêu chí cụ thể, rõ ràng.
