Trong buổi đầu, thể lệ thi cử chưa ổn định. Về sau, theo sự phát triển của giáo dục và khoa cử, thể lệ thi cử ngày càng đi vào nền nếp, khuôn khổ, gồm 3 kỳ thi là Hương, Hội, Đình.
Nhiều vòng thi nghiêm ngặt
Thi Hương được tổ chức quy mô tỉnh hoặc liên tỉnh để chọn người vào thi Hội. Theo sách "Khâm Định Đại Nam Hội điển sự lệ", kỳ thi Hương thời Nguyễn có ba vòng (tam trường) hoặc bốn vòng (tứ trường).
Vòng đầu thi về kinh nghĩa, gồm các sách tứ thư, ngũ kinh. Vòng hai thi chiếu biểu (tức soạn thảo các văn bản hành chính nhà nước như chiếu, biểu, sớ...). Vòng ba thi sáng tác thơ phú theo chủ đề. Vòng bốn thi văn sách để viết các bài tự luận.
Vòng thi kinh nghĩa tương đối dễ, chỉ cần thuộc lòng tứ thư, ngũ kinh và trình bày đúng ý của người xưa. Vòng thi chiếu biểu phải thuộc hàng trăm bài loại này rồi chắt lọc tinh hoa để viết thành bài.
Dễ làm nhưng khó đỗ nhất là kỳ thi thơ phú. Dễ vì cả ngày chỉ cần sáng tác một bài thơ tối đa 16 câu và một bài phú 8 câu; khó là bài phải hay, phù hợp cảm nhận của người chấm.
Ở vòng bốn thi văn sách, nho sinh được tự do trình bày với kiến giải riêng của mình theo nội dung đề bài. Đề thi thường hỏi đủ mọi lĩnh vực như thiên văn, địa lý, bói toán, y học, đặc biệt là những câu hỏi về thời sự, đòi hỏi phải có kiến giải độc đáo và đưa ra giải pháp khả thi.
Hội và Đình được gọi là kỳ thi đại tỷ (thi lớn, thường được gọi là đại khoa, gồm hai giai đoạn).
Thi Hội dành cho những người đã qua thi Hương, có bằng cử nhân và các giám sinh đã mãn khóa Quốc Tử Giám. Những người đỗ đạt trong các kỳ đại khoa như thế đều có danh hiệu, tùy thuộc thời kỳ khác nhau trong lịch sử.
Theo quy định từ năm 1434, thi Hội cũng có 4 kỳ. Kỳ một thi kinh nghĩa, thư nghĩa; kỳ hai thi chiếu, chế, biểu; kỳ ba thi thơ phú và kỳ bốn thi văn sách.
Thi Đình còn gọi là điện thí, được tổ chức ngay tại sân điện, thường do đích thân vua ra đề và chấm. Đây cũng là kỳ thi cuối cùng để xếp hạng tiến sĩ đã đỗ ở kỳ thi Hội trước đó. Sau khi vua chấm bài, học vị của các sĩ tử được quyết định.
Tiến sĩ có tên niêm yết trên bảng vàng sẽ được ban yến tiệc trong cung, bệ kiến hoàng thượng, thăm hoa ở vườn ngự uyển, cưỡi ngựa dạo khắp kinh thành, rồi vinh quy bái tổ, được khắc tên vào bia đá đặt ở Văn Miếu để lưu danh mãi mãi.
Gông cổ, bỏ tù, phạt roi nếu vi phạm quy chế thi cử
Dưới thời phong kiến, các quy định liên quan khoa cử thường rất nghiêm ngặt. Theo sách "Đại Nam Hội điển sự lệ", triều Nguyễn quy định thí sinh không được mang tài liệu vào trường thi, không được nói chuyện ồn ào, lộn xộn, phải đóng dấu “nhật trung” - xác định bài thi được làm tại trường thi, cấm ngồi không đúng chỗ quy định, tự ý vứt bỏ hoặc sửa chữa bảng tên, cấm kê khai gian lận tên tuổi, cấm nộp bài trễ hạn. Sĩ tử vi phạm sẽ bị phạt rất nặng.
Người bị phát hiện mang tài liệu vào phòng thi sẽ bị gông (cùm) một tháng, sau đó bị đánh 100 roi; nói chuyện ồn ào thì truy tội cả thí sinh lẫn các vị quan đốc học; giáo thụ và huấn đạo ở địa phương có thí sinh vi phạm.
Bài thi cũng có những quy định khác, rắc rối và ngặt nghèo hơn, chủ yếu là lỗi về hình thức mà thí sinh phải tránh. Đầu tiên là lỗi khiếm tị (phải biết tránh chữ húy). Đó là tên của tất cả đời vua, hoàng hậu, kể cả ông bà tổ tiên vua, tên lăng, miếu, cung, điện, làng quê của vua, con vua, vợ vua. Bài phạm húy chắc chắn bị đánh hỏng.
Sau khiếm tị là lỗi khiếm trang và khiếm đài. Khiếm trang nghĩa là bài thi thiếu phần tao nhã, dùng những từ thô tục về ngữ nghĩa và âm luật, thiếu tôn kính với các từ tôn nghiêm. Đang hành văn mà gặp những từ tôn kính như thiên, địa, đế, hậu... thì phải tự động sang hàng và đài (nâng cao lên trong dòng chữ), nếu không sẽ mắc lỗi khiếm đài.
Bài thi phải viết loại chữ chân phương, thiếu một nét, một chấm xem như mắc lỗi, phạm luật. Khi làm xong bài, cuối quyển thi phải ghi rõ số chữ đã xóa, bỏ sót, sửa chữa.
Trước thời gian thi 4 tháng, thí sinh muốn dự thi phải ghi danh tại địa phương để xem xét tư cách đạo đức, lý lịch.
Người chịu tang cha, mẹ, ông bà nội mà phải lo việc thờ phụng, thì không được tham gia kỳ thi. Người bất hiếu, không hòa thuận với anh em, tàn bạo cũng không được thi. Người thân với kẻ phạm tội đã bị chém, giảo (thắt cổ), đi đày, sung quân (kể cả đã được tha về) cũng không được thi.
Nếu là kẻ tòng phạm theo giặc nhưng không có chức tước, hoặc chức nhỏ, con cháu không được thi. Nếu đã ra đầu thú, lập công được giảm án, cháu được đi thi. Nếu là kẻ tòng phạm nhưng bị giặc ức hiếp phải theo, chẳng có chức tước gì, con không được đi thi.