Về khó khăn, các thầy cô cho rằng, do là chương trình mới, nội dung mới nên giáo viên vừa phải tìm hiểu vừa dạy; chưa kể có bài đòi hỏi kiến thức liên môn Vật lí, Hóa học, Sinh học.
Với Chương trình giáo dục phổ thông 2018, để có kiến thức mới, thầy cô phải bắt đầu từ thực tế, dẫn đến tình huống giúp học sinh lĩnh hội kiến thức mới. Do đó, cả thầy và trò sẽ gặp khó khăn trong thay đổi cách dạy, cách học.
Khó khăn trong triển khai chuyên đề còn bởi thầy cô chưa có đủ thời gian để nghiên cứu và áp dụng tất cả các phương pháp dạy học mới; chưa khai thác hết tất cả các chức năng của các thiết bị phục vụ giảng dạy như máy tính, máy chiếu, bảng trắng tương tác; nội dung các chuyên đề dài và thời lượng thực hiện chưa đủ…
Trước những khó khăn nói trên, giải pháp trước hết là giáo viên được phân công giảng dạy chuyên đề cần tích cực tham gia các lớp bồi dưỡng thường xuyên, tập huấn của Sở GD&ĐT về chuyên môn nghiệp vụ.
Bên cạnh chủ động tìm hiểu các kiến thức liên môn, giáo viên cần phải có kiến thức sâu rộng về các phương pháp giảng dạy hiện đại, phải biết cách tạo ra các bài học hấp dẫn và thú vị, cũng như tạo cơ hội cho học sinh phát triển toàn diện. Đồng thời, thường xuyên đánh giá, đưa ra những phản hồi và động viên tích cực để giúp học sinh phát triển tốt hơn.
Cũng cần có sự hợp tác giữa giáo viên bộ môn và giáo viên chủ nhiệm trong việc đôn đốc, nhắc nhở học sinh thực hiện các nhiệm vụ học tập, đưa ra phương pháp giáo dục phù hợp.
Đặc biệt, dạy học có ứng dụng công nghệ thông tin giúp giáo viên thuận lợi trong tổ chức hoạt động học. Những phần mềm, tranh ảnh, sơ đồ, video... có tác dụng thiết thực trong quá trình dạy học. Do đó, giáo viên cần chuẩn bị chu đáo các thiết bị công nghệ thông tin để hỗ trợ, như: phần mềm, máy tính,...
Chỉ nên hỗ trợ trình chiếu khi chuyển giao nhiệm vụ, khi cần thuyết trình giải thích hoặc khi hệ thống hoá kiến thức bài học...Chọn lọc âm thanh, hình ảnh... phù hợp với cách tổ chức hoạt động.
Giáo viên nên tránh dạy học theo kiểu trình chiếu, thuyết trình cả bài; trình chiếu trong lúc học sinh học cá nhân, thảo luận nhóm...
Việc quan tâm đến giao lưu học tập kinh nghiệm, tổ chức hội thảo chuyên đề, mời chuyên gia về truyền đạt ý tưởng, tạo động lực để giáo viên thổi hồn vào bài giảng một cách thiết thực và hiệu quả hơn cũng là giải pháp quan trọng cần làm giúp giảng dạy chuyên đề ngày càng tốt hơn.
Trong Chương trình GDPT 2018, mỗi môn học Ngữ văn, Toán, Lịch sử, Địa lí, Giáo dục kinh tế và pháp luật, Vật lí, Hoá học, Sinh học, Công nghệ, Tin học, Nghệ thuật có một số chuyên đề học tập, tạo thành cụm chuyên đề học tập của môn học nhằm thực hiện yêu cầu phân hoá sâu, giúp học sinh tăng cường kiến thức và kĩ năng thực hành, vận dụng kiến thức, kĩ năng đã học giải quyết những vấn đề của thực tiễn, đáp ứng yêu cầu định hướng nghề nghiệp.
Thời lượng dành cho mỗi chuyên đề học tập là 10 tiết hoặc 15 tiết; tổng thời lượng dành cho cụm chuyên đề học tập của một môn học là 35 tiết/năm học. Ở mỗi lớp 10, 11, 12, học sinh chọn 3 cụm chuyên đề học tập của 3 môn học phù hợp với nguyện vọng của bản thân và khả năng tổ chức của nhà trường.