Tuy vậy, qua thời gian thí điểm thực hiện hợp nhất vừa qua cũng đã bộc lộ nhiều vướng mắc.
Theo báo cáo của Chính phủ gửi Ủy ban Thường vụ Quốc hội tại Phiên họp thứ 45 thì vướng mắc đầu tiên và có lẽ “nổi cộm” nhất là do văn phòng cùng thực hiện chức năng tham mưu, phục vụ nhiều đối tượng khác nhau nên khó bảo đảm khách quan, thậm chí là khó tránh khỏi tình trạng “vừa đá bóng, vừa thổi còi” trong hoạt động tham mưu đối với công tác quản lý Nhà nước của UBND và công tác giám sát của Đoàn ĐBQH, HĐND.
Có lẽ bởi vậy mà một số Ủy viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, về lâu dài, vẫn nên tổ chức 3 văn phòng mới đầy đủ ý nghĩa cả về lý luận và thực tiễn. Theo lập luận của Phó Chủ tịch Quốc hội Phùng Quốc Hiển, Văn phòng Đoàn ĐBQH đã tồn tại khoảng 20 năm - nên “cái thực tại là cái hợp lý, cái hợp lý là cái thực tại”. Chỉ có hợp lý thì mới tồn tại, không hợp lý không thể tồn tại. Hơn nữa, chức năng, nhiệm vụ của Đoàn ĐBQH cũng khác so với HĐND. Vì thế, phải tính rất kỹ - Phó Chủ tịch Phùng Quốc Hiển nhấn mạnh.
Cái rất kỹ ở đây có thể như ý kiến của Phó Chủ tịch Thường trực Quốc hội Tòng Thị Phóng là báo cáo của Chính phủ chưa nói rõ hiệu quả hoặc hệ quả của việc sắp xếp được bao nhiêu nhân sự? Chưa nói rõ được hiệu quả kinh tế sắp xếp lại tiết kiệm được bao nhiêu tiền? Chưa nói được hiệu quả và hệ quả của việc đổi mới cách thức làm việc của cán bộ sau khi sắp xếp thế nào? Về thủ tục giấy tờ, việc sáp nhập cũng có nhiều lúng túng, có cái rất chậm...
Và một vướng mắc nữa dù chưa được đề cập đến trong báo cáo của Chính phủ nhưng các địa phương thực hiện thí điểm đều rất rõ là mỗi lần tách - nhập các văn phòng đều ảnh hưởng lớn đến tâm tư, tình cảm của đội ngũ cán bộ. Không chỉ với cán bộ tại các văn phòng mà còn với chính các ĐBQH, đại biểu HĐND. Như trong lần thí điểm này, do trong thời gian thí điểm vẫn giữ nguyên các chế độ phụ cấp, hỗ trợ cán bộ, công chức, người lao động như trước đây nên trong cùng một văn phòng nhưng lại có các chế độ phụ cấp khác nhau. Nhưng cái quan trọng hơn cả - như “một người trong cuộc” từng chia sẻ đó là ảnh hưởng đến hiệu quả công việc, nhất là công việc của Đoàn ĐBQH...
Theo thống kê của Chủ nhiệm Văn phòng Quốc hội Nguyễn Hạnh Phúc, từ năm 1976 đến nay, bình quân cứ 3,5 năm lại nhập các văn phòng; 3,5 năm sau lại tách. Nghĩa là khi cần chuyên môn hóa, cần sâu thì tách. Khi cần giảm biên chế, bộ máy thì nhập vào. Việc này khiến cán bộ, công chức, viên chức không chuyên tâm làm việc và gây tốn kém. Như vậy, có thể thấy rõ sự “chung chiêng” trong các lần thực hiện hợp nhất các văn phòng. Và khi nào vẫn còn sự “chung chiêng” thì cần thiết phải rõ ràng: Nếu kết quả tốt thì nhân rộng, nếu chưa “chín”, chưa thống nhất, chưa đồng thuận cao thì giữ như cũ... - ý kiến của Phó Chủ tịch Quốc hội Uông Chu Lưu.
