Theo quyết định, Bảo tàng Tôn Đức Thắng được hưởng các chế độ, chính sách đối với bảo tàng hạng I trong hệ thống bảo tàng Việt Nam theo quy định hiện hành.
Bảo tàng Tôn Đức Thắng được thành lập nhân kỷ niệm 100 năm ngày sinh của Chủ tịch Tôn Đức Thắng (20/8/1888 - 20/8/1988). Tên gọi ban đầu của Bảo tàng Tôn Đức Thắng là Nhà trưng bày cuộc đời và sự nghiệp Chủ tịch Tôn Đức Thắng. Đến ngày 13/8/1990, nơi đây được đổi tên thành Bảo tàng Tôn Đức Thắng.
Bảo tàng Tôn Đức Thắng được UBND TPHCM xếp hạng II theo quyết định số 4602/QĐ-UBND ngày 26/8/2017.
Trong giai đoạn năm 2021-2023, UBND TPHCM đã đầu tư xây dựng mới Bảo tàng Tôn Đức Thắng, với quy mô diện tích xây dựng 1.722m2, tổng diện tích sàn xây dựng 8.551 m2, gồm: kho cơ sở đảm bảo cho công tác lưu giữ, bảo quản hiện vật tài liệu; khu vực trưng bày thường trực và chuyên đề; khu vực phục vụ cho các hoạt động thường xuyên; khu vực tượng đài Chủ tịch Tôn Đức Thắng...
Đồng thời Bảo tàng được trang bị đầy đủ các thiết bị để phục vụ cho khách tham quan, công tác bảo vệ, bảo quản lưu giữ tài liệu, hiện vật và các hoạt động khác của bảo tàng.
Dự án xây dựng mới Bảo tàng Tôn Đức Thắng đáp ứng công trình kiến trúc bền vững và hạ tầng kỹ thuật phù hợp, bảo đảm cho việc bảo quản, trưng bày tài liệu, hiện vật quy định tại điểm a, điểm b, điểm c khoản 1 Điều 30 Nghị định số 98/2010/NĐ-CP và các tiêu chuẩn xếp hạng I của bảo tàng.
Bảo tàng đã khánh thành và đưa vào hoạt động vào ngày 3/1/2025, góp phần tuyên truyền giá trị đạo đức cách mạng của Chủ tịch Tôn Đức Thắng, giáo dục truyền thống yêu nước, nâng cao lòng tự hào dân tộc trong nhân dân và thế hệ trẻ Việt Nam.
