Nhiều khó khăn đã lộ diện trong quá trình này, trong đó nổi bật nhất là tình trạng thiếu phòng học, phòng bộ môn và giáo viên, đặc biệt là ở các đô thị đông dân, vùng sâu vùng xa.
Tại TPHCM, tình trạng thiếu giáo viên diễn ra khá nan giải. Ở cấp tiểu học, giáo viên Tiếng Anh, Âm nhạc, Mỹ thuật, Tin học... rất khó tuyển. Trong lúc đó, ở cấp THCS, việc tìm giáo viên ở môn học tự chọn Tiếng dân tộc thiểu số và Ngoại ngữ 2; phân công giáo viên đảm nhận hoạt động trải nghiệm, hướng nghiệp; tổ chức giáo viên đơn môn dạy các môn tích hợp… là những phần việc không phải dễ.
Tình trạng thiếu thốn cơ sở vật chất cũng được phản ánh ở nhiều địa phương, trong đó đặc biệt thiếu phòng học để tổ chức học 2 buổi/ngày và phòng bộ môn để thực hiện chương trình mới. Chỉ tính số phòng học đáp ứng dạy học 2 buổi/ngày, quận đông dân ở TPHCM còn thiếu rất nhiều. Như Quận 12, dù hết sức ưu tiên nhưng dự kiến năm học tới, việc học 2 buổi/ngày ở học sinh khối lớp 2 chỉ khoảng 38,9%, ở học sinh lớp 6 cũng đang nỗ lực để đạt khoảng 25% ...
Thiết bị dạy học chương trình mới đòi hỏi đi kèm phòng học bộ môn, nhưng tỷ lệ phòng học bộ môn đang thiếu ở nhiều nơi. Theo số liệu của Cục Cơ sở vật chất (Bộ GD&ĐT), phòng học bộ môn đạt tỷ lệ rất thấp, nhất là ở bậc tiểu học (quy định tối thiểu 5 phòng). Cấp THCS có 47.383 phòng, đạt tỷ lệ 4,33 phòng/trường (quy định tối thiểu 8 phòng). Cấp THPT có 13.019 phòng, đạt tỷ lệ 5,56 phòng/trường (quy định tối thiểu 9 phòng)…
Khó khăn chồng khó khăn, nhưng với quyết tâm thực hiện thành công Chương trình GDPT mới, ngành Giáo dục cùng các địa phương đã chủ động, linh động và sáng tạo nhiều giải pháp. Trong cái khó đã thực sự ló nhiều cái khôn. Để giải quyết bài toán giáo viên, TPHCM, Bà Rịa - Vũng Tàu và nhiều địa phương khác đã tính đến giải pháp chia sẻ nguồn lực giữa các trường, trung tâm… trên địa bàn. Mô hình giáo viên thỉnh giảng đã được linh động áp dụng giữa các đơn vị trường học, với một số môn thiếu nhiều giáo viên như Tiếng Anh, Giáo dục Công dân, Mỹ thuật, Âm nhạc…
Gỡ khó bài toán trường lớp, bên cạnh tranh thủ các chương trình để xây thêm phòng học, nhiều địa phương đẩy mạnh sắp xếp, tối ưu hóa, xã hội hóa. Như ở Bạc Liêu thực hiện sắp xếp lại mạng lưới trường lớp, dồn dịch điểm trường và các trường tiểu học có quy mô nhỏ, cơ sở vật chất không bảo đảm thành những điểm trường, trường tiểu học có quy mô lớn hơn để tập trung nguồn lực đầu tư kiên cố.
Về thiết bị dạy học, quán triệt quan điểm Chương trình giáo dục phổ thông mới thực chất là kế thừa và sử dụng các thiết bị, cơ sở vật chất có sẵn, bổ sung thêm những thiết bị, cơ sở vật chất mới đáp ứng đổi mới, nhiều địa phương đặc biệt chú ý đến tính liên thông giữa các môn học, giữa các lớp học trong cùng cấp và liên thông giữa các cấp học; đồng thời quan tâm phát triển đồ dùng dạy học tự làm…
Thực hiện cái mới chưa bao giờ dễ dàng, vì thế khó khăn trong những bước đầu triển khai chương trình mới là thực tế tất yếu. Sự linh động, sáng tạo để khắc phục khó khăn của các cơ sở giáo dục, địa phương trong giai đọan này là hết sức đáng ghi nhận. Tuy nhiên, có nhiều cái khôn để gỡ khó hiện nay phần nhiều chỉ dừng ở giải pháp tạm thời, nhất là giải pháp liên quan đến giáo viên. Để chương trình giáo dục phổ thông mới thực hiện thành công, phát triển bền vững ở những cấp lớp tiếp theo, hai điều kiện quan trọng nhất là đội ngũ và cơ sở vật chất, bên cạnh giải pháp gỡ khó tạm thời, rất cần các địa phương có kế hoạch lâu dài, có bước đi, lộ trình bài bản, phù hợp, ít nhất trong 5 năm tới.
