Theo đó, 6 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 1 gồm: Bình An, Thảo Điền (Quận 2), Tầm Vu, Thanh Đa (quận Bình Thạnh), Hiệp Bình Chánh, Linh Đông (quận Thủ Đức). Còn 5 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 2 gồm: Cầu Chữ Y (Quận 5), Bình Tây, Lò Gốm (Quận 6), Bình Đông, chùa Long Hoa (Quận 8).
Sở GTVT TPHCM cũng được giao tiếp tục thống nhất vị trí, diện tích, pháp lý đối với 7 bến còn lại; trong đó có 2 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 1. Đó là bến Sài Gòn Pearl (quận Bình Thạnh), bến trung tâm Bình Triệu (quận Thủ Đức); 5 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 2 gồm: Nguyễn Thái Bình, Calmette (Quận 1), chợ Hòa Bình, Nguyễn Tri Phương (Quận 5), Khánh Hội (Quận 4).
Bên cạnh đó, UBND TPHCM còn chấp thuận chủ trương cho Sở GTVT đề xuất vị trí mới thay thế vị trí các bến không còn phù hợp; mở rộng diện tích các bến hiện hữu phù hợp quy hoạch chức năng bến bãi, phát triển thành các điểm dừng chân, dịch vụ đô thị, du lịch ven sông. Song song đó là bổ sung bến trung tâm của tuyến số 2 tại Quận 4 để thay thế cho phần diện tích đã giảm của bến Nguyễn Tri Phương do ảnh hưởng bởi nhánh cầu dẫn Nguyễn Tri Phương.
Theo Sở GTVT TPHCM, TP có tiềm năng, lợi thế lớn về hệ thống sông ngòi với 110 tuyến sông, kênh, rạch có chức năng giao thông thủy, bao gồm tuyến đường thủy nội địa, tuyến hàng hải (tổng chiều dài hơn 975 km) cùng hệ thống cảng biển, cảng thủy nội địa và bến thủy nội địa rải khắp trên địa bàn. Tuy nhiên, việc tận dụng các đường sông, kênh, rạch này để giảm tải giao thông đường bộ, phát triển du lịch còn rất nhiều khó khăn, hạn chế.
Nguyên nhân là do tỉ trọng đầu tư cho đường thủy nội địa so với việc đầu tư toàn ngành GTVT là chưa cao, khi tổng số vốn đầu tư cho mạng lưới giao thông đường thủy chỉ có 1.488 tỉ đồng.
Được biết, theo định hướng phát triển mạng lưới đường thủy nội địa giai đoạn 2030 - 2050, TPHCM sẽ tập trung đầu tư 3 tuyến kết nối khu Đông thành phố tới cảng Cát Lái (Quận 2), 4 tuyến từ nội thành kết nối đến cảng Hiệp Phước (huyện Nhà Bè) và 2 tuyến vành đai.
Ngoài ra, TPHCM còn tập trung phát triển cảng, bến thủy nội địa phục vụ vận tải hàng hóa, hành khách và du lịch. Hệ thống cảng, bến sẽ xây dựng theo quy hoạch, đồng thời hoàn chỉnh các cảng cạn để tăng khả năng trung chuyển hàng hóa từ các khu công nghiệp, chế xuất... đến cảng biển. Đến năm 2045, hệ thống kè bờ sông Sài Gòn cùng các sông, kênh nội thành cũng sẽ được đầu tư để cơ bản hoàn thành.