Cơ quan ngự y của triều đình được ghi trong sử sách từ thời Lý, nhưng các hoạt động của ngự y được chép nhiều từ thời Trần, như việc thầy thuốc gốc Bắc Trâu Canh chữa bệnh cho vua Trần Dụ Tông và các tôn thất, quý tộc.
Thời Lê, cái chết của vị vua tài Lê Thánh Tông được cho là có liên quan đến nghi án đầu độc.Chính sử viết, Trường Lạc Hoàng hậu Nguyễn Thị Hằng do bị vua ruồng bỏ lâu ngày, khi vào thăm vua đã giấu thuốc độc vào móng tay để bôi vào những vết lở loét trên da thịt nhà vua, khiến bệnh vua thêm nặng rồi qua đời.
Việc đầu độc nhà vua, nếu có, cũng chỉ hoàng hậu mới có thể thực hiện được, vì các món thuốc dâng lên vua được quy định thực hiện rất nghiêm ngặt.
Theo các văn bản bộ hình luật “Quốc triều hình luật” của thời Lê, được ban hành vào giai đoạn niên hiệu Hồng Đức thời vua Lê Thánh Tông, thường được gọi là Luật Hồng Đức, trong chương “Vi chế”, điều thứ 110, quy định: “Chế hay bốc các vị thuốc ngự (thuốc dành riêng cho vua dùng) mà lầm không đúng đơn thuốc, hoặc gói hay biên lầm thì thầy thuốc phải buộc tội lưu (tức đi đày ở nơi xa).
Lựa chọn các vị thuốc không kỹ thì phải tội biếm (hạ chức). Chưa dâng lên vua dùng thì được giảm một bậc. Cố ý làm như vậy thì phải ghép vào tội phản nghịch. Các quan trong ty giám đương xử tội nhẹ hơn thầy thuốc một bậc”.
Tội phản nghịch thời phong kiến đều bị khép vào án tử. Còn các việc lầm lỡ trong kê đơn, bốc thuốc cho vua đều bị xử nặng. Hình luật triều Nguyễn không quy định chi tiết về từng điều khoản này, nhưng các vụ việc cụ thể đều có biện pháp xử lý rõ ràng.
Như vào năm Minh Mạng thứ 8 (1827), theo bộ sử “Đại Nam thực lục”, có khi nhà vua bị ốm, Thái Y viện dâng thuốc lên vua dùng, trong thuốc có mọt. Nội giám kiểm tra thấy thế tâu lên. Sau đó, các quan trong Thái Y viện gồm Y chính Đoàn Văn Hòa và Nguyễn Tăng Long đều bị giáng 4 cấp.
Nhân đó, vua sắc cho Thượng thư bộ Hộ Lương Tiến Tường, Thượng bảo khanh Thân Văn Quyền và Vệ uý lĩnh Thượng trà viện (cơ quan phục dịch việc dâng trà thuốc cho vua) là Lê Thuận Tĩnh rằng từ đó trở đi, có dâng thuốc thì phải hội đồng với Y viện kiểm xét rồi mới dâng lên.
Sau đó, vào năm 1834, vua Minh Mạng cũng sai cho làm chiếc bài ngà khắc bốn chữ “Kiểm nghiệm ngự dược” cấp cho các viên Lãnh thị vệ Lê Văn Phú, Phạm Phú Quảng và Nguyễn Trọng Tính mỗi người một cái, dặn rằng phàm khi có dâng thuốc lên vua, các viên này phải cùng hội đồng với ngự y kiểm nghiệm lại.
Còn vào năm Minh Mạng thứ 9 (1828), nhà vua cũng có lệnh rằng, khi vua bị ốm, các vị Hoàng trưởng tử, các hoàng tử túc trực ở nhà Duyệt thị, lúc thái y dâng thuốc, thì đều phải tự xem xét các món thuốc trước.
Trong lần vua Minh Mạng ốm vào tháng 7 năm đó, sử triều Nguyễn ghi: “Thái y viện tiến thuốc, chưa công hiệu, vua chán, liền mấy ngày không uống, Hoàng trưởng tử cùng các hoàng tử dâng sớ can khéo. Vua nói: “Thánh nhân chưa từng bỏ thuốc. Cha chúng mày lại trái với mọi người à?”. Bèn sai dâng thuốc uống vài ngày khỏi”.
Bộ sử “Đại Nam thực lục” cũng cho biết vua Minh Mạng là người am hiểu về việc dùng thuốc Đông y chữa bệnh. Đó là sự việc năm 1833, nhà vua khen thưởng ngự y là Nguyễn Tăng Long và Vũ Doãn Tuấn đều một người tăng một cấp, cùng với ban thưởng 11 người y chánh và y phó.
Việc ban thưởng thực hiện theo lời dụ của nhà vua với Nội các rằng: “Trước đây viện Thái Y dâng thuốc Ôn tạng hoàn (loại thuốc viên uống để ngũ tạng (tim, gan, lá lách, phổi, mật) được ấm), gần đây, ta dùng thuốc ấy có hiệu nghiệm, thực hay trị được chứng giun để trừ bệnh hoạn tâm phúc. Đáng khen là thuốc hay”.
Vua Minh Mạng nhân đó cùng với các thị thần bàn về tính chất các vị thuốc, nói: “Phàm các vị thuốc, dùng đúng thì hay, như nhân sâm, cam thảo, dùng lầm thì cũng hại người; bạch giới, bạch chỉ, khéo dùng thì cũng có công hiệu. Vậy biết trong khoảng trời đất không có vật gì bỏ đi, chỉ cốt ở người ta khéo dùng thế nào đó thôi!”.
Còn về việc dâng đồ ăn lên nhà vua, theo bộ Luật Hồng Đức, điều thứ 111 thuộc chương “Vi chế” có quy định: “Những người làm món ngự thiện mà phạm lầm phải những đồ ăn cấm kỵ thì người chủ thực phải xử tội lưu, nếu có những vật uế tạp độc hại lẫn vào trong thức ăn đồ uống thì phải xử tội đồ hay lưu.
Lựa chọn đồ ăn không cẩn thận thì xử phạt 50 roi, biếm một tư (tức hạ một bậc trong cấp bậc quan chức, mỗi cấp quan có 4 - 5 tư). Cố ý dùng những đồ uế tạp độc hại thì xử tội tử hình. Nếu phải nếm trước các thứ đồ ăn mà không nếm hoặc nếm không cẩn thận thì xử tội nhẹ hơn một bậc”.
