Theo quy định, Học viện Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo (Học viện) là cơ sở nghiên cứu khoa học công lập trực thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ, thực hiện chức năng nghiên cứu khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ; bồi dưỡng nghiệp vụ quản lý khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; hỗ trợ, thực hiện hoạt động đổi mới sáng tạo và khởi nghiệp; tư vấn, cung cấp dịch vụ khoa học và công nghệ.
Về nghiên cứu khoa học, Học viện có nhiệm vụ nghiên cứu lý luận và thực tiễn về chiến lược và chính sách khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; nghiên cứu về chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chính sách và cơ chế quản lý khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo phục vụ quản lý nhà nước của Bộ Khoa học và Công nghệ; tư vấn cho Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ trong việc xây dựng, hoạch định và thực hiện chính sách khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; nghiên cứu, phát triển và triển khai ứng dụng một số lĩnh vực công nghệ ưu tiên, công nghệ tiên tiến; nghiên cứu phục vụ hoạt động đào tạo, bồi dưỡng của Học viện; hợp tác với các trường đại học, học viện, viện, trung tâm nghiên cứu và các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước phù hợp với chức năng và nhiệm vụ được giao.
Học viện thực hiện đào tạo và cấp văn bằng trình độ thạc sĩ, tiến sĩ các chuyên ngành theo quy định của pháp luật; cấp chứng chỉ, giấy chứng nhận cho học viên tham dự các chương trình đào tạo, bồi dưỡng do Học viện tổ chức theo quy định của pháp luật; liên kết đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ, hợp tác đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ với các cơ sở đào tạo, các viện nghiên cứu, các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước phù hợp với chức năng và nhiệm vụ được giao.
Ngoài ra, Học viện còn tham gia xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, cơ chế, chính sách và pháp luật về khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; triển khai và đánh giá chiến lược, chính sách khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; biên soạn, phát hành các ấn phẩm, tạp chí về kết quả nghiên cứu, giáo trình, tài liệu giảng dạy về quản lý khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo và các lĩnh vực liên quan theo quy định của pháp luật; hỗ trợ phát triển ý tưởng sáng tạo và khởi nghiệp; triển khai, hỗ trợ hoạt động ươm tạo công nghệ, ươm tạo và phát triển doanh nghiệp khoa học và công nghệ, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo...
Cơ cấu tổ chức:Học viện gồm các đơn vị: Văn phòng; Ban Kế hoạch - Tài chính; Ban Quản lý khoa học và đào tạo; Viện Chiến lược và Chính sách khoa học và công nghệ; Viện Nghiên cứu Phát triển công nghệ tiên tiến; Trung tâm Đào tạo, bồi dưỡng quản lý khoa học và công nghệ; Trung tâm Dịch vụ khoa học và công nghệ; Khoa Quốc tế và Đào tạo sau đại học.
