Trước tình trạng này, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Văn Thể đã ký ban hành Chỉ thị về việc "đảm bảo an ninh, an toàn khai thác hàng không" nói chung, trong đó nghiêm khắc cảnh cáo hãng hàng không VietJet đã để xảy ra các vụ việc uy hiếp an toàn bay trong thời gian vừa qua.
Trong nội dung chỉ thị nêu rõ, trong thời gian ngắn (Quý IV/2018), Công ty cổ phần hàng không Vietjet (Hãng hàng không VietJet Air) đã có 07 sự cố khai thác tàu bay, trong đó có 05 sự cố do hỏng hóc kỹ thuật tàu bay và 02 sự cố do yếu tố chủ quan của nhân viên hàng không.
Chuyến bay VJ356 ngày 29/11/2018 trong quá trình tiếp đất hạ cánh xuống Cảng hàng không Buôn Ma Thuột hai bánh càng mũi đã bị rơi ra khỏi tàu bay.
Cụ thể: Chuyến bay VJ356 (tàu bay VN-A653) của VietJet Air từ Thành phố Hồ Chí Minh đi Buôn Mê Thuột (Đắk Lắk), trong quá trình hạ cánh tại sân bay Buôn Mê Thuột đã gặp sự cố kỹ thuật, hai bánh rơi ra khỏi trục lúc hạ cánh, phải thực hiện quy trình khẩn nguy, thoát hiểm cho hành khách và tổ bay vào đêm ngày 29/11. Sự cố nghiêm trọng này đến nay vẫn chưa có kết luận chính thức.
Chuyến bay VJ689 ngày 25/12/2018 đã hạ cánh xuống đường cất hạ cánh chưa đưa vào khai thác tại Cảng hàng không quốc tế Cam Ranh sau khi phải quay lại hạ cánh do gặp hỏng hóc kỹ thuật.
Ngày 25/12/2018, chuyến bay VJ689 của hãng hàng không Vietjet dự kiến từ Cảng hàng không quốc tế (HKQT) Cam Ranh đi Cảng HKQT Tân Sơn Nhất lúc 11h14, sau khi tàu bay cất cánh ít phút, tổ bay phát hiện có cảnh báo kỹ thuật. Tổ lái đã quyết định cho tàu bay quay lại hạ cánh khẩn cấp xuống sân bay Cam Ranh. Trong quá trình tiếp cận, tổ bay đã hạ cánh nhầm xuống đường băng đã thi công xong nhưng chưa đưa vào khai thác.
Hãng hàng không Vietjet và Cảng HKQT Cam Ranh đã thực hiện các quy trình khai thác để đưa toàn bộ hành khách xuống tàu bay an toàn.
Ngay trong chiều 25/12, Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam (HKVN) Đinh Việt Thắng đã vào Cam Ranh trực tiếp chỉ đạo Tổ điều tra sự cố.
Ngay sau đó, Cục HKVN đã quyết định: Đình chỉ tổ bay VJ689 phục vụ công tác điều tra; Đình chỉ công tác đối với người chịu trách nhiệm chính của Vietjet liên quan đến việc khai thác; Dừng tăng chuyến đối với hãng hàng không Vietjet để rà soát đánh giá lại vấn đề khai thác; Thực hiện giám sát đặc biệt với Vietjet tại 4 cảng hàng không quốc tế là: Nội Bài, Tân Sơn Nhất, Cam Ranh và Đà Nẵng.
Chuyến bay VJ861 của Vietjet Air khởi hành từ Incheon (Hàn Quốc) đi TP.Hồ Chí Minh tối muộn ngày 24/12/2018, sau khi cất cánh được khoảng 2 tiếng, cơ trưởng quyết định hạ cánh xuống Đài Bắc (Đài Loan) để kiểm tra do phát hiện cảnh báo kỹ thuật tại buồng hàng sau.
Sau khi dỡ hành lý, kiểm tra, xác định tình trạng máy bay bình thường, chuyến bay được tiếp tục được khởi hành và về đến sân bay Tân Sơn Nhất lúc 5h20 phút sáng 25/12/2018, chậm mất 5 giờ đồng hồ sơ với thời gian dự kiến.
Trước đó, ngày 30/10, chuyến bay VJ982 của Vietjet Air khởi hành từ Hà Nội chở 198 hành khách đi Busan (Hàn Quốc) đã phải hạ cánh khẩn cấp tại Hồng Kông do phi hành đoàn phát hiện máy bay báo lỗi kỹ thuật.
Chưa đầy 3 tuần sau, chuyến bay VJ198 cũng của của Vietjet Air khởi hành từ TP.HCM đi Hà Nội lúc 19h05 phút ngày 19/11 tiếp tục gặp sự cố. Sau khoảng 10 phút cất cánh, máy bay đã phải quay đầu hạ cánh khẩn cấp tại sân bay Tân Sân Nhất do tổ lái phát hiện lỗi cảnh báo kỹ thuật. Tiếp viên trên chuyến bay đã phải hướng dẫn hành khách chuẩn bị cho tình huống xấu nhất.
Tình trạng để xảy ra liên tiếp các sự cố hàng không của Hãng hàng không Vietjet Air đã làm ảnh hưởng đến chất lượng dịch vụ hàng không, tâm lý của hành khách tham gia bằng đường hàng không.
Bộ GTVT đã nghiêm khắc cảnh báo và yêu cầu Cục HKVN áp dụng quy chế giám sát đặc biệt đối với Hãng hàng không VietJet Air, đặc biệt là ở các cảng hàng không, sân bay lớn như Tân Sơn Nhất, Nội Bài, Đà Nẵng, Cam Ranh.