Ngày 10/9/2015, Bộ GD&ĐT ban hành Công văn số 4669/BGDĐT-GDTrH hướng dẫn đánh giá học sinh mô hình trường học mới và ngày 5/4/2017 ban hành Công văn số 1392/BGDĐT-GDTrH về việc thực hiện một số quy định về đánh giá học sinh THCS mô hình trường học mới từ năm học 2016-2017, để xét tốt nghiệp THCS học sinh mô hình trường học mới, Bộ GD&ĐT hướng dẫn chuyển đổi xếp loại học sinh mô hình trường học mới sang xếp loại theo quy định tại Thông tư 58/2011/TT-BGDĐT ngày 12/12/2011 của Bộ GD&ĐT Ban hành quy chế đánh giá, xếp loại học sinh THCS và học sinh trung học phổ thông như sau:
Về xếp loại hạnh kiểm: Học sinh có xếp loại phẩm chất đạt mức "Tốt" được xếp loại hạnh kiểm tốt;
Học sinh có xếp loại phẩm chất đạt mức "Đạt" được xếp loại hạnh kiểm khá;
Học sinh có xếp loại phẩm chất đạt mức "Cần cố gắng" được xếp loại hạnh kiểm trung bình.
Học sinh có một trong các khuyết điểm được ghi tại khoản 4, Điều 4 Thông tư 58/2011/TT-BGDĐT ngày 12/12/2011 ban hành quy chế đánh giá, xếp loại học sinh THCS và học sinh THPT, xếp loại hạnh kiếm yếu.
Về xếp loại học lực: Học sinh có kết quả học tập đạt mức “Hoàn thành tốt” được xếp loại giỏi;
Học sinh có kết quả học tập đạt mức “Hoàn thành” nếu có 2/3 số môn đạt trung bình cả năm từ 6,5 trở lên được xếp loại khá. Học sinh có kết quả học tập đạt mức “Hoàn thành” còn lại được xếp loại trung bình;
Học sinh có kết quả học tập đạt mức “Có nội dung chưa hoàn thành” nếu có 2/3 số môn đạt trung bình cả năm từ 5,0 trở lên, không có môn nào đạt trung bình cả năm dưới 3,5 và Hoạt động giáo dục (Âm nhạc, Mĩ thuật, Thể dục) “Đạt yêu cầu” được xếp loại trung bình. Các trường hợp còn lại xếp loại yếu.
Sau khi chuyển đổi xếp loại học sinh mô hình trường học mới sang xếp loại theo quy định tại Thông tư 58/2011/TT-BGDĐT ngày 12/12/2011 của Bộ GD&ĐT, việc xét tốt nghiệp THCS được thực hiện theo quy định hiện hành.