Quy chế này quy định về tổ chức và hoạt động của đại học vùng, bao gồm: tổ chức và nhân sự, hoạt động đào tạo, khoa học và công nghệ, hợp tác quốc tế, đảm bảo chất lượng giáo dục, tài chính, tài sản, mối quan hệ công tác, chế độ thông tin, báo cáo và thanh tra, kiểm tra.
Quy chế áp dụng đối với Đại học Thái Nguyên, Đại học Huế, Đại học Đà Nẵng và các cơ sở giáo dục đại học thành viên, các cơ quan, tổ chức và cá nhân có liên quan đến tổ chức và hoạt động của đại học vùng.
Theo quy chế này, Giám đốc Đại học vùng phải có ít nhất 5 năm tham gia quản lý từ cấp khoa, phòng hoặc tương đương trở lên của cơ sở giáo dục đại học; có trình độ tiến sĩ và chức danh phó giáo sư trở lên; có sức khoẻ tốt, độ tuổi khi bổ nhiệm lần đầu đủ tham gia ít nhất một nhiệm kỳ...
Đại học vùng tự chủ về phương thức tuyển sinh và chịu trách nhiệm về công tác tuyển sinh của đại học vùng; tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc in; quản lý, cấp, phát, thu hồi, hủy bỏ văn bằng, chứng chỉ theo quy định của Bộ GD&ĐT.
Giám đốc đại học vùng do Bộ trưởng Bộ GD&ĐT bổ nhiệm, miễn nhiệm. Nhiệm kỳ của giám đốc đại học vùng là 5 năm và có thể được bổ nhiệm lại nhưng không quá hai nhiệm kỳ liên tiếp.
Tiêu chuẩn Chủ tịch hội đồng đại học vùng như tiêu chuẩn Giám đốc đại học vùng. Riêng về độ tuổi thực hiện theo quy định về độ tuổi của Chủ tịch hội đồng trường tại Điều lệ trường đại học.
Chủ tịch hội đồng đại học vùng do hội đồng đại học vùng bầu trong số thành viên hội đồng đại học vùng theo nguyên tắc bỏ phiếu kín và phải có trên số thành viên hội đồng tín nhiệm.
Đại học vùng có không quá 3 phó giám đốc. Trường hợp cần có hơn 3 phó giám đốc, giám đốc đại học vùng báo cáo Bộ trưởng Bộ GD&ĐT xem xét, quyết định.
Phó Giám đốc đại học vùng phải có ít nhất 5 năm tham gia quản lý từ cấp bộ môn hoặc tương đương trở lên của cơ sở giáo dục đại học; có trình độ tiến sĩ trở lên; có sức khoẻ tốt, độ tuổi khi bổ nhiệm lần đầu đủ tham gia ít nhất một nhiệm kỳ.
Phó Giám đốc đại học vùng do Bộ trưởng Bộ GD&ĐT bổ nhiệm hoặc miễn nhiệm theo đề nghị của giám đốc đại học vùng.