Theo tính toán của Ban Chỉ đạo cải cách chính sách tiền lương, bảo hiểm xã hội và ưu đãi người có công, chính sách tiền lương hiện hành quy định tới 20 nhóm phụ cấp với gần 100 loại phụ cấp các loại. Ví dụ: Phụ cấp chức vụ, chức danh; phụ cấp chức vụ lãnh đạo; phụ cấp trách nhiệm; phụ cấp nặng nhọc, độc hại, nguy hiểm; phụ cấp thâm niên; phụ cấp thâm niên vượt khung; phụ cấp khu vực; phụ cấp lưu động; phụ cấp thu hút,...
Thực tế, nhiều loại phụ cấp có tính chất tương tự nhau, như phụ cấp chức vụ, chức danh cũng tương tự phụ cấp lãnh đạo nhưng vẫn được duy trì. Một cán bộ, viên chức có thể hưởng nhiều loại phụ cấp…
Một số loại phụ cấp không nhất quán như phụ cấp ở cơ quan Đảng từ Trung ương xuống cấp huyện là 30% nhưng ở cấp xã thì không áp dụng. Cũng với mức này, trong một Ban Đảng ở Trung ương lại chỉ có cấp Vụ trưởng trở xuống được hưởng còn chức danh Phó Trưởng Ban lại không được hưởng phụ cấp này.
Chính vì vậy, Vụ trưởng Vụ Tiền lương (Bộ Nội vụ) Nguyễn Quang Dũng cho biết có trường hợp phi lý là thu nhập của Vụ trưởng của Ban Đảng (nhận phụ cấp thâm niên, phụ cấp cơ quan Đảng, phụ cấp chức danh,...) còn cao hơn lương cấp trên là Phó Trưởng Ban.
Phó Chủ tịch Hội đồng Lý luận Trung ương Nguyễn Văn Thao tính toán sở dĩ số lượng phụ cấp nhiều vì cứ mỗi một chính sách mới ra đời thì lại dễ xuất hiện thêm một loại phụ cấp mới. Riêng với phụ cấp cơ quan Đảng hiện nay được áp dụng là 30%, ông Thao cho rằng Đề án có thể bỏ ngay và tập trung sắp xếp, xây dựng phụ cấp theo nghề.
Trong cách tính lương theo ngạch, bậc, bản thân người lao động còn không nắm được chính xác mức lương của mình. Khi tính thêm cả phụ cấp thì việc tính toán thu nhập lại càng trở nên phức tạp. Không chỉ vậy, việc áp dụng nhiều phụ cấp dẫn đến mâu thuẫn giữa các ngành nghề trong xã hội.
Thống kê thu nhập nói chung của cán bộ công chức, viên chức, Bộ Nội vụ cho biết trong tổng thu nhập của người lao động thì phụ cấp chiếm tới 54,55%, còn lại là từ lương được Nhà nước trả theo ngạch, bậc. Tỷ lệ này cũng tương đương với những tính toán của Tổ chức Lao động quốc tế (ILO) tại Việt Nam.
Qua các đợt khảo sát ở nhiều ngành nghề, địa phương khác nhau, Phó Thủ tướng Chính phủ Vương Đình Huệ, Trưởng Ban Chỉ đạo cải cách chính sách tiền lương, bảo hiểm xã hội và ưu đãi người có công rút ra đánh giá rằng: “Phụ cấp đang làm chính sách tiền lương bị méo mó, “chính” thành “phụ”, “phụ”lại thành “chính”. Thu nhập ngoài lương (chi trả từ ngân sách Nhà nước - PV) không kiểm soát được”.
Theo thông tin từ ILO, các quốc gia trên thế giới đều áp dụng chế độ phụ cấp, nhưng kinh nghiệm vận hành và quản lý chính sách tiền lương hiệu quả là phụ cấp (bao gồm cả phụ cấp thường xuyên và không thường xuyên) chỉ nên chiếm tối đa 30% tổng thu nhập của người lao động, còn lại 70% là từ lương.
Tiếp thu ý kiến của các bộ, ngành, các chuyên gia quốc tế về tiền lương, Đề án đã thiết kế thu gọn các nhóm phụ cấp, từ 20 nhóm hiện nay sẽ xuống còn 5 loại phụ cấp; rà soát, chuyển nhiều loại phụ cấp vào vị trí việc làm - tiền lương và tính giá trị tuyệt đối của tiền lương chứ không tính theo ngạch, bậc, thang bảng lương như hiện nay, bảo đảm tổng quỹ phụ cấp chiếm tối đa 30% trong tổng quỹ lương.
Theo đó, nhiệm vụ của các bộ, ngành là xây dựng và ban hành hệ thống bảng lương, phụ cấp lương và tiền thưởng đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang trên cơ sở vị trí việc làm, tham khảo kinh nghiệm của thế giới; kế thừa những mặt tích cực và khắc phục những bất hợp lý, tính cào bằng, bình quân của chế độ tiền lương hiện hành để tiền lương (bao gồm cả phụ cấp lương và tiền thưởng) phải là nguồn thu nhập chính của cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang và tiến tới đạt mức trung bình khá trên thị trường lao động.