Việc tuyển sinh bổ sung học sinh vào hai trường căn cứ Thông tư số 06/2025/TT-BGDĐT ngày 28-2-2023 của Bộ GD&ĐT về quy chế tổ chức và hoạt động của trường THPT chuyên; căn cứ hướng dẫn của Sở GD&ĐT Hà Nội về việc chuyển trường, chuyển lớp và tuyển bổ sung học sinh vào lớp chuyên từ năm học 2025-2026.
Quyết định tuyển sinh bổ sung học sinh năm học 2025-2026 cũng được xem xét theo đề nghị của Hiệu trưởng Trường THPT chuyên Nguyễn Huệ và Hiệu trưởng Trường THPT chuyên Chu Văn An.
Hiệu trưởng hai trường này chịu trách nhiệm xây dựng kế hoạch, tổ chức tuyển bổ sung học sinh vào lớp chuyên theo hướng dẫn của Sở GD&ĐT Hà Nội bảo đảm chính xác, công khai, minh bạch.
Tổng chỉ tiêu tuyển sinh bổ sung vào hai trường là 45 em. Chỉ tiêu ở từng trường như sau:
| Môn | Tuyển bổ sung | |
| THPT chuyên Nguyễn Huệ | ||
| 1 | Hóa học | 5 |
| 2 | Tiếng Anh | 6 |
| 3 | Vật lý | 1 |
| 4 | Tiếng Nga | 2 |
| THPT chuyên Chu Văn An | ||
| 1 | Hóa học | 4 |
| 2 | Sinh học | 5 |
| 3 | Ngữ văn | 7 |
| 4 | Tiếng Anh | 15 |
