Tuy nhiên, ủng hộ tự chủ ĐH, TS Lê Viết Khuyến đánh giá khá cao thành quả nổi trội của Trường TDTU đạt được khi thực hiện tự chủ tài chính nhiều năm qua: Không nhận hỗ trợ kinh phí từ ngân sách Nhà nước nhưng sự phát triển nhà trường, chất lượng đào tạo, cơ sở vật chất đều phát triển tốt; tổ chức quản lý rất nghiêm túc; có số lượng lớn bài báo khoa học đăng trên tạp chí quốc tế uy tín… Những kết quả đạt được của Trường TDTU chứng minh cho thành công của chủ trương rất lớn của Đảng, Nhà nước về tự chủ ĐH.
Cũng nhân câu chuyện này, TS Lê Viết Khuyến trao đổi rộng ra về vấn đề tự chủ ĐH. Ông nhắc đến 2 định chế trong quản trị các tổ chức Nhà nước, đó là: Định chế theo kiểu tập quyền và định chế theo cơ chế hội đồng.
Theo đó, định chế tập quyền là bất cứ tổ chức nào cũng đều có cơ quan chủ quản cấp trên; cơ quan cấp trên này chọn, bổ nhiệm một người đại diện cho mình để vận hành tổ chức, nhà trường theo chỉ thị của cơ quan chủ quản. Với định chế này, trường ĐH không có quyền tự chủ. Ngược lại, ở định chế theo cơ chế hội đồng, Nhà nước trao quyền quản trị trường ĐH cho một tập thể lãnh đạo; tập thể lãnh đạo đó là hội đồng do các bên liên quan đứng ra đề cử lên và được Nhà nước chấp nhận - đó là tổ chức quyền lực cao nhất của nhà trường.
Trong điều kiện cụ thể ở nước ta, TS Lê Viết Khuyến cho rằng, một loạt các văn bản của Nhà nước, đặc biệt là từ năm 2005 khẳng định các trường ĐH công lập chuyển sang hoạt động theo cơ chế tự chủ. Mới đây nhất, Luật Sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Giáo dục ĐH đã tạo cơ sở pháp lý quan trọng thúc đẩy thực hiện tự chủ ĐH. Mà theo cơ chế tự chủ thì không thể trao quyền hành cho 1 cá nhân; bởi một cá nhân dù tốt, tài năng, nhưng khi được độc quyền sẽ dễ trở thành độc tài. Do đó, phải trao cho một tập thể lãnh đạo, tập thể đó là Hội đồng trường.
