Theo đó, đối với các trường THPT không chuyên sẽ thi Toán, Ngữ văn và môn thứ 3. Môn thứ 3 được công bố sớm nhất là 15 ngày trước ngày kết thúc năm học. Thời gian làm bài thi: Toán, Ngữ văn mỗi môn 120 phút; môn thứ ba 60 phút.
Đối với trường THPT Chuyên Vĩnh Phúc, thí sinh thi Toán, Ngữ văn, tiếng Anh và môn chuyên. Môn chuyên của lớp chuyên nào chính là môn đó. Riêng lớp chuyên Tin học, môn chuyên được qui định là môn Toán; lớp chuyên Pháp - Anh, môn chuyên qui định là tiếng Anh.
Thời gian làm bài thi: Môn không chuyên (hệ số 1) - Toán, Ngữ văn mỗi môn 120 phút; tiếng Anh 90 phút; môn chuyên (hệ số 2): 150 phút.
Các trường THPT không chuyên thi ngày 7, 8/6/2016. Cụ thể:
| Ngày, buổi thi | Môn thi | Thời điểm giao đề cho thí sinh | Thời điểm tính giờ làm bài | Thời gian làm bài |
| Buổi sáng: 07/6/2016 | Ngữ văn | 08h00 | 08h05 | 120 phút |
| Buổi chiều: 07/6/2016 | Môn thứ 3 | 14h00 | 14h05 | 60 phút |
| Buổi sáng: 08/6/2016 | Toán | 08h00 | 08h05 | 120 phút |
Đối với trường THPT Chuyên Vĩnh Phúc: Thi ngày 10, 11/6/2016. Cụ thể:
| Ngày, buổi thi | Môn thi | Thời điểm giao đề cho thí sinh | Thời điểm tính giờ làm bài | Thời gian làm bài |
| Sáng 10/6/2016 | Ngữ văn (Hệ số 1) | 08h00 | 08h05 | 120 phút |
| Chiều 10/6/2016 | Toán (Hệ số 1) | 14h00 | 14h05 | 120 phút |
| Sáng 11/6/2016 | Môn chuyên (Hệ số 2) | 08h00 | 08h05 | 150 phút |
| Chiều 11/6/2016 | Tiếng Anh (Hệ số 1) | 14h00 | 14h05 | 90 phút |
Để khắc phục hiện tượng học sinh dự thi và trúng tuyển vào trường THPT Chuyên Vĩnh Phúc nhưng không nhập học, gây khó khăn cho công tác tuyển sinh của các trường THPT khác (phải hạ điểm chuẩn và duyệt tuyển sinh nhiều lần), bắt buộc trong các ngày thi (11-12 /6/2016) thí sinh phải nộp cho trường hồ sơ (bản gốc) gồm: Học bạ cấp THCS, giấy khai sinh, bằng (giấy chứng nhận) tốt nghiệp THCS.
Hội đồng tuyển sinh trường Chuyên Vĩnh Phúc chỉ xét tuyển đối với các học sinh này. Học sinh đã nộp hồ sơ và trúng tuyển vào trường Chuyên Vĩnh Phúc sẽ không được Sở duyệt tuyển sinh vào các trường THPT khác.
Vào trường THPT DTNT Tỉnh hoặc trường PTDTNT THCS&THPT Phúc Yên: Diện tuyển thẳng, nộp hồ sơ đăng ký tuyển thẳng tại trường THPT DTNT Tỉnh hoặc trường PTDTNT THCS&THPT Phúc Yên
Diện thi tuyển: Được đăng ký 2 nguyện vọng. Nguyện vọng 1 vào trường THPT DTNT Tỉnh hoặc trường PTDTNT THCS&THPT Phúc Yên; nguyện vọng 2 vào một trường THPT không chuyên.
Học sinh nộp hồ sơ và dự thi tại trường đăng ký nguyện vọng 2. Các trường THPT không chuyên lập danh sách học sinh có nguyện vọng 1 vào trường THPT DTNT Tỉnh hoặc trường PTDTNT THCS&THPT Phúc Yên, báo cáo về Sở GD&ĐT cùng với ngày nộp dữ liệu đăng ký dự thi.
Vào các trường THPT còn lại: Mỗi học sinh đăng kí tuyển thẳng, dự thi, xét tuyển tại 1 trường THPT theo các qui định nêu trên.
Học sinh đăng kí xét tuyển vào trường THPT Liên Bảo (không phải diện tuyển thẳng hoặc xét tuyển) vẫn phải đăng kí dự thi tại một trường THPT công lập khác để có điểm thi làm căn cứ xét tuyển.
