Nhìn chung, các trường đã có sự phát triển, chuyển biến tích cực theo hướng nâng cao năng lực tự chủ, đảm bảo chất lượng, chủ động trong trong tái cấu trúc bộ máy, giảm bớt thủ tục hành chính.
Đặc biệt, các trường đảm bảo được toàn bộ chi thường xuyên và trích lập được các quỹ nhờ việc được tự chủ học phí và tăng quy mô đào tạo các chương trình chất lượng cao. Thu nhập của người lao động tăng lên so với giai đoạn trước khi tự chủ.
Cụ thể, một số trường chưa hoàn thiện cơ cấu tổ chức của nhà trường theo quy định, chưa ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của Hội đồng trường. Hình thức hoạt động của hội đồng trường chủ yếu bằng các cuộc họp, vai trò giám mờ nhạt, nguồn kinh phí cho hoạt động của hội phụ thuộc vào kinh phí của nhà trường do Hiệu trưởng quyết định.
Bộ cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo sớm ban hành Nghị định về tự chủ đại học thay thế cho Nghị quyết số 77/NQ-CP của Chính phủ để đẩy mạnh hơn nữa việc tự chủ, trách nhiệm giải trình về thực hiện hoạt động đào tạo, khoa học công nghệ, tổ chức bộ máy, nhân sự và tài chính.
Nghị định mới sẽ quy định cơ chế tự chủ về thực hiện hoạt động đào tạo, khoa học công nghệ, tổ chức bộ máy, nhân sự và tài chính của cơ sở giáo dục đại học công lập, Các đại học vùng, đại học quốc gia, Trường ĐH Việt Đức, Trường ĐH Khoa học và Công nghệ Hà Nội…
Bà Nguyễn Thị Doan, Chủ tịch Hội Khuyến học Việt Nam lưu ý rằng nếu tự chủ đại học chỉ hiểu là tự chủ tài chính, thu chi để tận thu của học sinh và nguồn chính của cơ sở giáo dục là học phí thì không ổn. Tự chủ phải gắn với thúc đẩy nghiên cứu trong các trường đại học. Vì trên thực tế khi thực hiện tự chủ, một số trường mới nặng về quy định nguồn thu chủ yếu từ học phí, còn triển khai nghiên cứu dù các trường rất có khả năng làm lại không thấy.