Đối với chất thải lỏng, phát sinh khoảng 10.442m3/ngày (trong đó các cơ sở y tế thuộc Sở Y tế Hà Nội quản lý phát sinh 4.372m3/ngày; các bệnh viện Trung ương và các bộ ngành phát sinh 6.070m3/ngày).
Hiện việc thu gom và xử lý chất thải rắn, nước chưa thống nhất. Đối với chất thải rắn, riêng địa bàn thành phố có 2 bệnh viện xử lý chất thải rắn theo mô hình tại chỗ là Bệnh viện Tâm thần Mỹ Đức và Bệnh viện Đa khoa huyện Mỹ Đức.
100% các bệnh viện, trung tâm y tế không có lò đốt và các bệnh viện hiện lò đốt thuộc ngành y tế Hà Nội không hoạt động đều thực hiện việc xử lý chất thải rắn y tế nguy hại theo mô hình tập trung ký hợp đồng với các công ty có đủ thẩm quyền vận chuyển và xử lý chất thải y tế. Riêng các bệnh viện Trung ương và Bộ, ngành xử lý chất thải rắn tập trung, ký hợp đồng với công ty có đủ thẩm quyền.
Đối với chất thải lỏng các cơ sở y tế đều đã xử lý chất thải bằng hệ thống đáp ứng các tiêu chuẩn theo quy định. Với các bệnh viện Bộ, ngành đều đã được đầu tư hệ thống xử lý chất thải lỏng. Tuy nhiên, hệ thống xử lý chất thải lỏng của một số bệnh viện đã xuống cấp (Bệnh viện K cơ sở 1, Bệnh viện Bưu điện, Viện Huyết học - Truyền máu Trung ương).Riêng với 34 bệnh viện tư nhân trên địa bàn đều có hệ thống xử lý nước thải và đảm bảo đủ tiêu chuẩn về xử lý chất thải lỏng y tế theo quy định.
Quản lý chất thải bệnh viện vô cùng quan trọng bởi nếu không sẽ là nguồn bệnh lây truyền trong cộng đồng, gây ô nhiễm môi trường… Do vậy, cần có sự phân công rõ trách nhiệm của lãnh đạo, các khoa phòng và cá nhân trong công tác quản lý chất thải y tế. Coi việc xử lý chất thải y tế là chỉ tiêu đánh giá bệnh viện.
