Ban Quản lý là cơ quan trực thuộc UBND tỉnh Hà Giang, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với các khu công nghiệp, khu kinh tế, các cửa khẩu biên giới đất liền trên địa bàn tỉnh Hà Giang.
Bên cạnh đó, quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh cho nhà đầu tư trong các khu công nghiệp, khu kinh tế, tại các cửa khẩu trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật.
Ban Quản lý thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Điều 81 Nghị định 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật đầu tư; các Điều 37 và 38 Nghị định 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế và khoản 21 Điều 1 Nghị định 164/2013/NĐ-CP ngày 12/11/2013 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 29/2008/NĐ-CP; Điều 11 Quyết định 45/2013/QĐ-TTg ngày 25/7/2013 của Thủ tướng Chính phủ về quy chế điều hành hoạt động tại các cửa khẩu biên giới đất liền.
Ban Quản lý có Trưởng ban và không quá 3 Phó Trưởng ban. Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý gồm: Văn phòng, các phòng chuyên môn, nghiệp vụ và đại diện Ban Quản lý tại khu công nghiệp, khu kinh tế cửa khẩu, các đơn vị sự nghiệp trực thuộc.
