Báo cáo đánh giá hoạt động khoa học và công nghệ giai đoạn 2011-2016 và định hướng phát triển giai đoạn 2017-2025 của Bộ GD&ĐT nêu rõ: Thông tư 07/2014/TT-BKHCN ngày 26/5/2014 của Bộ Trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ qui định trình tự, thủ tục xác định nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia sử dụng ngân sách nhà nước, trong đó điều kiện để đề xuất nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia được xem xét là phải có “Đề xuất đặt hàng nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia” của các Bộ, ban ngành hoặc địa phương.
Hầu hết các Bộ, ngành khác đều có các trường ĐH hoặc các Viện nghiên cứu trực thuộc; do đó các Bộ, ngành này sẽ không đặt hàng các đơn vị không trực thuộc.
Chính vì vậy, những trường ĐH thuộc Bộ GD&ĐT khó có thể đăng ký thực hiện được các nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia.
Ngoài ra, các quy định mới trong hệ thống văn bản quản lý của Bộ Khoa học và Công nghệ giai đoạn 2011-2016 đối với các nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia được tổ chức thực hiện thiếu sự phối hợp chặt chẽ của các bộ/ngành là các đơn vị đặt hàng nghiên cứu.
Thông tư Liên tịch số 55/2015/TTLT-BTC-BKHCN hướng dẫn định mức xây dựng, phân bổ dự toán và quyết toán kinh phí đối với nhiệm vụ khoa học và công nghệ có sử dụng ngân sách Nhà nước (NSNN) có một số hạn chế như:
Quy định về mức trần số ngày công khó khăn thực hiện đối với nhiệm vụ có kinh phí lớn;
Thù lao chuyên môn định mức thấp không phù hợp, ảnh hưởng đến chất lượng trong các thẩm định, nhận xét đánh giá;
Quản lý phí thấp và thủ tục vẫn còn rườm rà, phức tạp chưa thực sự cải tiến trong công tác quản lý hành chính;
Thông tư này mới chỉ tính việc làm trực tiếp của chủ nhiệm nhiệm vụ và các thành viên tham gia chứ không tính thời gian không làm việc trực tiếp để triển khai các hoạt động nghiên cứu (gọi là thời gian chuẩn bị).
Bên cạnh đó, theo Thông tư số 44/2014/BGDĐT ngày 31/12/2014 quy định chế độ làm việc đối với giảng viên thì số giờ làm việc của mỗi cán bộ giảng dạy là 1.760 giờ/năm, nên việc tính ngày công theo Thông tư 55 sẽ dẫn đến cán bộ sẽ làm ngoài giờ nhưng vấn đề này cũng bị hạn chế bởi Luật lao động. Tương tự như vậy đối với Quyết định 5830/QĐ-BGDĐT ban hành ngày 27/11/2015.
Ngoài ra, Thông tư liên tịch số 27/2015/BKHCN-BTC của Bộ Khoa học và Công nghệ và Bộ Tài chính thay thế cho TTLT93/2006 vẫn chưa cập nhật và cần có những quy định hướng tới kết quả nghiệm thu là chứng từ thanh toán, như một số tổ chức quốc tế đã thực hiện. Các văn bản công tác sở hữu trí tuệ, thương mại hóa kết quả nghiên cứu để tạo động lực cho nhà khoa học còn thiếu và chưa rõ ràng.
