Mục tiêu tổng quát của Chương trình nhằm đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động của các cơ quan nhà nước, xây dựng Chính phủ điện tử và cung cấp dịch vụ công trực tuyến thống nhất từ trung ương đến địa phương; nâng cao năng lực bảo đảm an toàn thông tin quốc gia và xác thực điện tử; phát triển ngành công nghiệp công nghệ thông tin thông qua việc phát triển các Khu công nghệ thông tin trọng điểm và các sản phẩm công nghệ thông tin trọng điểm.
Theo mục tiêu đến năm 2020, 100% các bộ, cơ quan ngang bộ, các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có nền tảng chia sẻ, tích hợp dùng chung; đáp ứng kết nối trên 50% các hệ thống thông tin của các bộ, ngành, địa phương có nhu cầu được kết nối, chia sẻ dữ liệu với các cơ sở dữ liệu quốc gia;
30% hồ sơ thủ tục hành chính của các địa phương được xử lý trực tuyến tại mức độ 4; trên 50% hồ sơ thủ tục hành chính cần trao đổi giữa các bộ phận một cửa liên thông được trao đổi qua môi trường mạng; hoàn thành xây dựng hệ thống kết nối liên thông các hệ thống thông tin ở trung ương và địa phương để kết nối các hệ thống dịch vụ của các bộ, ngành, địa phương đã sẵn sàng; trên 80% hệ thống thông tin từ cấp độ 3 trở lên của các địa phương được áp dụng phương án bảo đảm an toàn thông tin phù hợp với tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật về bảo đảm an toàn hệ thống thông tin theo cấp độ.
Đồng thời, đưa Việt Nam ra khỏi danh sách 20 quốc gia có tỷ lệ lây nhiễm phần mềm độc hại cao nhất trên thế giới theo xếp hạng của các tổ chức quốc tế.
100% dịch vụ công cấp độ 4 có giải pháp xác thực điện tử tập trung và tối thiểu 50% cổng thông tin điện tử của các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương được giám sát an toàn thông tin mạng, trong đó ưu tiên cho các tỉnh ở địa bàn khó khăn, chưa tự cân đối được ngân sách;
Hỗ trợ xây dựng 7 khu công nghệ thông tin tập trung thuộc Quyết định số 392/2015/QĐ-TTg ngày 27/3/ 2015 của Thủ tướng Chính phủ; hỗ trợ nghiên cứu, phát triển tối thiểu 3 sản phẩm phần cứng điện tử thuộc lĩnh vực vi mạch, chíp bán dẫn; 06 sản phẩm nền tảng dùng trong cơ quan nhà nước và xã hội; 1 sản phẩm nội dung số phục vụ cơ quan nhà nước...
