Theo văn bản này, hiện HĐQT và các cổ đông vẫn chưa thống nhất được tỷ lệ vốn của các cổ đông. Trong đó, số cổ phần của công ty I - Connect và Co - Ordinate (hai công ty góp vốn vào ĐH Hoa Sen) còn có sự tranh chấp, chưa thống nhất giữa các cổ đông nên không thể xác định được tính hợp pháp của đại hội cổ đông bất thường do nhóm 30% cổ đông tổ chức vào ngày 2/8/2014.
Theo nhóm cổ đông này, công ty I - Connect sở hữu 26,5% cổ phần của ĐH Hoa Sen, còn Co - Ordinate sở hữu 7,38% . Đại hội cổ đông được tổ chức do nhóm cổ đông có hơn 70% cổ phần nên "hoàn toàn hợp pháp".
Tuy nhiên, HĐQT đương nhiệm của Trường ĐH Hoa Sen lại cho rằng số cổ phần tại hai công ty đang có sự tranh chấp, số cổ đông tham dự đại hội cổ đông bất thường hôm đó chỉ chiếm 59% cổ phần. Trong khi theo quy chế hoạt động tổ chức của ĐH Hoa Sen thì phải có từ 65% cổ phần trở lên mới tổ chức được đại hội cổ đông bất thường.
Do chưa thống nhất được số cổ phần nên Sở GD&ĐT TPHCM không có đủ cơ sở pháp lý để trình UBND TPHCM công nhận HĐQT mới được bầu trong đại hội cổ đông bất thường.
Công văn của Sở cũng đề nghị HĐQT Trường ĐH Hoa Sen xác định số cổ phần, ngày chốt sổ của các cổ đông góp vốn để xác định tính pháp lý cho đại hội cổ đông bất thường của nhóm 30% cổ đông. Hiện tại Hội đồng quản trị đương nhiệm của ĐH Hoa Sen vẫn còn hiệu lực.
Bên cạnh đó, Công văn của Sở GD&ĐT TPHCM nêu rõ nhà trường muốn hoạt động theo cơ chế trường ĐH tư thục hoạt động không vì lợi nhuận theo Điều lệ trường ĐH mới cần phải làm hồ sơ để Bộ GD&ĐT thẩm định, trình Thủ tướng Chính phủ quyết định công nhận. Do đó, Sở GD&ĐT TPHCM yêu cầu các thành viên HĐQT Trường ĐH Hoa Sen cần tổ chức và hoạt động theo quy định của các văn bản pháp luật hiện hành.
Được biết, Trường Đại học Hoa Sen sẽ tổ chức Đại hội toàn trường vào ngày 31/1/2015. Đại hội này sẽ có sự tham gia của các thành viên góp vốn, thành viên Hội đồng quản trị, Ban kiểm soát, cán bộ quản lý, giảng viên và nghiên cứu viên nhà trường.