Cụ thể, 5 phương thức tuyển sinh của Nhà trường gồm:
1. Xét tuyển thẳng, ưu tiên xét tuyển theo quy chế tuyển sinh đại học chính quy năm 2020 của Bộ GD&ĐT (4%).
2. Ưu tiên xét tuyển theo quy định của ĐHQG TP.HCM (20%).
3. Xét tuyển dựa trên kết quả kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2020 (35%).
4. Xét tuyển dựa trên kết quả kỳ thi đánh giá năng lực do ĐHQG TP.HCM tổ chức (40% chỉ tiêu theo ngành/nhóm ngành).
5. tối đa 1% chỉ tiêu theo ngành/nhóm ngành, gồm hai đối tượng như sau: (5.1)Đối với thí sinh người Việt Nam học Trường nước ngoài tại Việt Nam với chương trình đào tạo được công nhận tại nước sở tại, xét tuyển dựa trên kết quả học tập trung bình của 6 học kỳ (học kỳ 1 và 2 lớp 10, học kỳ 1 và 2 lớp 11, học kỳ 1 và 2 lớp 12) kết hợp điều kiện cần là có chứng chỉ IELTS hay TOEFL iBT.
(5.2) Đối với thí sinh người nước ngoài học THPT tại nước ngoài, xét tuyển dựa trên điểm học bạ tích lũy GPA của năm lớp 11 và 12 kết hợp điều kiện cần là có chứng chỉ năng lực tiếng Việt đối với thí sinh đăng ký học chương trình giảng dạy bằng tiếng Việt hoặc có chứng chỉ IELTS hay TOEFL iBT hay có quốc tịch là nước sử dụng tiếng Anh làm ngôn ngữ chính nếu đăng ký học chương trình giảng dạy bằng tiếng Anh.
Năm học 2020-2021, Trường ĐH Khoa học Tự nhiên có 4 ngành, chương trình đào tạo mới gồm: Vật lý Y khoa, Kỹ thuật địa chất, Công nghệ vật liệu, Khoa học môi trường (chương trình CLC).
Tại Phân hiệu ĐHQG TP.HCM ở tỉnh Bến Tre, Nhà trường tuyển sinh theo đề án đào tạo nguồn nhân lực cho khu vực Tây Nam bộ và Tây Nguyên học ngành Khoa học môi trường và đào tạo 2 chương trình liên kết do nước ngoài cấp bằng.
Mức học phí 2020-2021 mà Trường ĐH Khoa học Tự nhiên công bố giao động từ 11,7 triệu đồng/năm cho đến 43,5 triệu đồng/năm tùy theo chương trình đào tạo.
Cụ thể như sau: 1. Chương trình đào tạo chính quy: năm học 2020-2021 là 11.700.000 đồng/năm
2. Học phí các chương trình theo đề án trong năm 2020-2021
Khoa học máy tính (chương trình Tiên tiến): 43.500.000 đồng /năm. Công nghệ thông tin (chương trình CLC): 32.500.000 đồng/năm. Công nghệ thông tin (liên kết ĐH Claude Bernard Lyon I-Pháp): 41.000.000 đồng/năm. Công nghệ Kỹ thuật Hóa học (chương trình CLC): 44.000.000 đồng/ năm.
Hóa học (chương trình liên kết ĐH Le Mans - Pháp): 44.000.000 đồng /năm. Hóa học (chương trình CLC): 40.000.000 đồng/năm. Sinh học (chương trình CLC): 40.000.000 đồng/năm. Công nghệ Sinh học (chương trình CLC): 40.000.000 đồng /năm.
Kỹ thuật điện tử - viễn thông (chương trình CLC): 32.000.000 đồng /năm. Khoa học Môi trường (chương trình CLC): 40.000.000 đồng /năm.